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(無題) 削除/引用 No.112-18 - 2007/09/05 (水) 15:36:56 - カナマイシン >肉様 返事遅くなってすみません。 論文その菌についてはかなり昔に論文になってます。 必要なら、メールを受け取れるようにしといていただければ情報送りますよ。 いやーこのフォーラムはなんて便利なんだろう。

(無題) 削除/引用 No.112-17 - 2007/08/30 (木) 19:41:58 - 肉 >カナマイシン様 釈迦に説法は言いすぎです。馬の耳に念仏で十分です。 なんてったって、昨日は釣り、今日は爆睡で気が向いた時にしか実験しないダメ人間ですから。 >運が悪いと･･･泥沼かな･･･ メインでやってる実験ではないんで、大丈夫です。 今年で居なくなりますし、誰も実験を引き継ぐ様子も無いですし… >「ある条件で培養すると超高頻度で生じる変な形態を持つ変異株」を追いかけた結果、ゲノムのある領域が大規模に欠失したものであった、という報告がなされました。 論文出ていますか？非常に知りたいです。 >パルスフィールド電気泳動 そんなすばらしい機器持ってないです。単純な仕組みのくせに高すぎですよ。 mupidを改造してFIGEが出来ないか思案中ですが、電気に弱くて…。 >菌によっては「ハ○ンズ　トマトケチャップ」なんて指定もあり･･･ 冷蔵保存ですか？ケチャップをピペットマンやピペットで吸い取る･･･ やばい、ツボにはまりそうです。

(無題) 削除/引用 No.112-16 - 2007/08/30 (木) 15:49:32 - カナマイシン >Eire 様 その通りでございます。。。 肉 様、ほんとに申し訳ありませんでした。釈迦です。釈迦に説法。 ああバカ理系。穴があったら入りたい。。。

実験内容には関係なのですが、気になったので・・・ 削除/引用 No.112-15 - 2007/08/30 (木) 06:20:35 - Eire >[Re:14] カナマイシンさんは書きました : > 馬の耳に念仏かもしれませんが、 これ、「釈迦に説法」の間違いですよね。挑発しているのでなければ・・・ お邪魔しました。

(無題) 削除/引用 No.112-14 - 2007/08/29 (水) 08:01:46 - カナマイシン >肉 様、香り 様 面白いっすね〜。肉様の実験案、組み替え効率さえ良ければいけると思います。 何にせよ形質転換効率やら組み替え効率次第ですよね。 しかし形態変わると形質転換できないのは痛い。 平行してどうにかその形態でも形質転換できるような条件も探されてみては？ 運が良ければすぐに見つかるかもしれませんよ。そうすればショットガンもOK。 運が悪いと･･･泥沼かな･･･ 馬の耳に念仏かもしれませんが、ゲノム中の「大規模欠失」の可能性も 視野に入れておいた方がいいかもしれません。 私の馴染み深い菌についてですが、 「ある条件で培養すると超高頻度で生じる変な形態を持つ変異株」を追いかけた結果、 ゲノムのある領域が大規模に欠失したものであった、という報告がなされました。 この場合はその欠失領域にある複数の遺伝子が原因なのではなく、 その中に含まれる１遺伝子が原因でありました。 しかし、もし肉様の追いかけられてる現象が複数遺伝子を原因とするものであると、 上記方法ではノックインないしノックアウトが難しくなりますよね。 できるならパルスフィールド電気泳動でゲノムの大きさを見てもらっておくのもいいかも。 わくわくしますねー。 >香り 様 フミン酸を炭素源にスクリーニングですか。面白いですね。 水道水は、「きれいすぎず、きたなすぎない、混合物の代表例」としていいのかもしれません。 研究する部屋によって違うのは困りものですけども。 せめて金属成分だけでも水質検査で調べておけば参考になるかもしれません。 金属以外もありうるし、水質検査の検出限界がどんなものかわかりませんが。 >肉 様 「これで超純粋で作った培地でも増える！」は難しいでしょー（笑） いまだにうちの菌は、しっかり形態が観察できる合成培地が存在しません。 Yeast だの Peptone だの混ぜてようやく観察。それでもたまに機嫌そこねる。 Yeast とか、ロットによって品質ばらつくし･･･ほんと複雑でかわいいやつです。 菌によっては「ハ○ンズ　トマトケチャップ」なんて指定もあり･･･ それは何かで代替できないのかと･･･ あぁ、話それまくりですみません。

(無題) 削除/引用 No.112-13 - 2007/08/29 (水) 02:24:01 - 肉 >香り様 いわゆるゲノムライブラリーですよね。 今マイペースにベクターの調製をしているところです。 エレクトロポレーションによって導入しようと思っているんですが、1つ問題があるんですよね。形質が変わると入らなくなる…。 今計画しているのは、形質が変わった菌のゲノムと複製できないプラスミドベクターを連結して、相同組み換えを期待して、元の形質の菌に入れてみようかと。 もし、ある遺伝子の欠失であれば、組み換え体はノックアウトの要領で形態変化、逆に元々そういった遺伝子を潰れた状態で持っていて、ある条件により変異が入って発現するといった場合でも、ノックインの要領でうまくいかないかなと期待しています。複製できないベクターを使えば、空ベクターを無視することも出来ますし。一番の問題は相同組み換えの効率と日ごろクローニングを殆ど行わない自分の腕です。 って、明らかにトピック違いですね。 いずれにしても、栄養要求で菌が増えたり増えなかったりと言った程度のことは生易しいですよ。メーカーさんも人間の「マルチビタミン･ミネラル」みたいに菌のサプリメントを出してくれれば面白いのに。「これで超純粋で作った培地でも増える！不安定な水道水の水質から開放！」みたいなキャッチフレーズで

(無題) 削除/引用 No.112-12 - 2007/08/28 (火) 23:35:38 - 香り 同じような経験があります。 放線菌を土中から分離する際の話なんですが、水道水だとOKで純粋だとNGということがありました。培地としては、幾ばくかのリン酸とフミン酸(難分解性高分子)を使っていました。 先生に聞いたところ「水道水中の微量物質が〜」と説明を受け、そのときは半信半疑でしたが、みなさんの意見を見るにあり得る話なんですね。 単に菌の培養を目指すなら、水道水を使うのもありだとおもいますが、megさんには不都合なんでしょうか。 肉さん 顕微鏡を使わないでも形態変化がわかるなら、形態を指標にショットガンクローニングで形態が戻るのを探したら面白いんではないでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.112-11 - 2007/08/28 (火) 19:18:09 - 肉 ムシャクシャしてやった。後悔はしていない。 >Yeastをはじめ随分リッチな培地であるものの、その「金属」の濃度は数nMでした。 Yeastが入っていても、不足するものは不足するんですね。勉強になります。 >・ある「金属」を微量（uM以下）足すとその菌の形態が変わる、という報告が出た。 >で、この「金属」濃度が10〜100倍になると形態に変化が生じます。 不思議ですねー。uMになるとその金属が働くのか、あるいはnM程度だと不足してて、本来の形態とは異なっていたのか。 いずれにしても、彼ら(菌)は複雑怪奇な行動をしますよね。 よく、桿菌から球菌になったり、死んだように眠ったり(VBNCだっけ？)。 実は、私も1つそんな変わった現象を発見しています。 詳細は書けませんが、ある菌をある培養条件下で培養すると、明らかに形態が変わる(顕微鏡を使わなくても分かる位)。ここまでは良くあることですが、この菌を元の培養条件に戻しても戻らない(コロニー⇔液培を10回程繰り返した)。おまけに、どうやらこの株だけではなくて属全般の性質みたいなんですよね。培養中に変異が入ると考えています。SDS-PAGEでもいくつかのタンパクの違いを確認していますが、お金が無いんで全てをアミノ酸シーケンスなんて出来ないんですよね。なので、殆どお手上げ状態。この実験をやってるのは自分だけですし、まったく持ってもったいないです。

(無題) 削除/引用 No.112-10 - 2007/08/28 (火) 09:09:19 - カナマイシン >肉 様 ずいぶんツンデレな方ですね（笑）。あれ、ひょっとすると別人？ 私の書き込みの解釈はおおむねそんな感じで結構ですが、 そんなにしっかりしたものでもないです。詳しくは後述。 >meg 様 後で調べた、っていうのはちょっと行きすぎた表現です、すみません。 詳しく書いてしまうと所属がばれてしまいそうなので曖昧に書きますが･･･ ・ある「金属」を微量（uM以下）足すとその菌の形態が変わる、という報告が出た。 →同時に、他の金属では一切変わらないことも確かめられた。 →あれ、この現象、どっかで見たことあるぞ･･･ →そういえば昔水道水で培地作った時だ！　連休明けに水に赤錆が混じったりしてたしな･･･その金属が混ざっててもおかしくないや･･･ ってな感じです。水質検査はしてません。 そして実際のところ、その金属以外にそういった促進因子が 水道水に混ざっていた可能性も否定できません。 まったく科学的でない表現ですみません。 我々もこの経験は、もはや笑い話としてしか使っていないもので。 ちなみに肉様が >yeast等が入っていればかなりの微量要素が入っていると思いますよ。 と書かれていますが、我々の通常用いている（上記「報告」でも用いられていた）培地は Yeastをはじめ随分リッチな培地であるものの、その「金属」の濃度は数nMでした。 これはmiliQで作った場合の値です。 で、この「金属」濃度が10〜100倍になると形態に変化が生じます。 そのときは原子吸光光度計ではかってました。 原子吸光光度計はそんなに手間がかかるものではないので、 身の周りにあれば試されればいいと思います。

(無題) 削除/引用 No.112-9 - 2007/08/28 (火) 06:47:11 - 肉 何の培地を使っているのかわかりませんが、 yeast等が入っていればかなりの微量要素が入っていると思いますよ。 >ちなみに、後で調べてみるとというのは、 >どうやって調べたのでしょうか。 カナマイシン様が >当時のその研究室の水道管がかなり劣化しててずいぶん金属が染み出していた と書かれている所から、水質検査でもされたのだと思います。 で、普通の水道より明らかに高い金属が検出されて、その金属をイオン交換の培地に添加した所、 異なった形態になったと言った所ではないでしょうか？ 水道管の劣化と言った所から、鉄、亜鉛、鉛、銅等が挙げられると思います。 ただ、>生育時の形態が明らかに違うものがあった と言う点から、カナマイシン様のケースではイオン交換水でも増えたのだと思われます。 微量ミネラルの不足ではなくて、ある種のミネラルの過剰と言う可能性もありますね。 meg様の菌の栄養要求を調べるには、一度水質調査を行って、イオン交換水に足りない成分を個別、 または複数添加した培地で培養していくのが良いと思いますよ。 あるいは、水質調査を行わずに研究室にある金属塩、ビタミン等を片っ端から加えていき、 培養出来ることが確認できたら、加えたものをどんどん減らして行ってはどうでしょうか？ ただし、栄養要求でも二つのうちの片方が存在すれば大丈夫といったケースや、 不足していた場合に、一旦成長が止まるが、別の成分で置き換えて増殖するようになるといったケースがあります。 （後者は乳酸菌の科学と技術に少し書かれていたと記憶しています） 念のため、meg様のイオン交換水がおかしくないか調べるために、 他の研究室のイオン交換水、超純粋等でも試してみてはどうでしょうか？ 長文スマン

(無題) 削除/引用 No.112-8 - 2007/08/28 (火) 06:41:26 - 肉 >すみません。それは書けません。 詳しくは書けなくても、ある程度のことは書けるだろ？ 大腸菌だとか乳酸菌だとか組み替えた特殊な株だとか。 あと、使ってる培地とか書けよ。合成培地かどうかもわかんねえだろ。 >微量な成長のための因子　ですか。 >それがどういったものかとか、分かりますか？ それぐらい自分で調べろよ！菌の増殖にビタミンだとかミネラルだとか 各種有機酸なんかが必要だって事くらい知ってるだろ！ >ちなみに、後で調べてみるとというのは、 >どうやって調べたのでしょうか。 それくらい自分で考えろ。頭が腐ってんのか、クズ野郎。

(無題) 削除/引用 No.112-7 - 2007/08/28 (火) 00:19:17 - meg ＞293様、カナマイシン様 そうですか・・。なるほど。 菌は、存在する金属で生育状態が随分違う場合があるのですね。 知りませんでした。 有難うございました。 ＞カナマイシン様 ちなみに、後で調べてみるとというのは、 どうやって調べたのでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.112-6 - 2007/08/26 (日) 23:44:14 - カナマイシン 必須微量金属（293様の挙げられている必須微量ミネラル）なんて イオン交換樹脂にくっつく代表例だと思いますよ。 聞いた話ですが、ある菌について、水道水で作った培地とイオン交換水で作った培地とで 生育時の形態が明らかに違うものがあったそうです。 で、後で調べてみると、その原因は金属量の違いであった、とのことです。 もともと水道水にはミネラルが含まれている上、当時のその研究室の水道管が かなり劣化しててずいぶん金属が染み出していた、と。 笑うに笑えませんが･･･

(無題) 削除/引用 No.112-5 - 2007/08/26 (日) 10:04:17 - 293 微量栄養素 　水溶性，あるいは脂溶性に分類されるビタミン，および微量ミネラルは微量栄養素である（表1-2参照）。水溶性ビタミンは，ビタミンC（アスコルビン酸）および8つのビタミンB複合体──サイアミン（ビタミンB1），リボフラミン（ビタミンB2），ナイアシン，ピリドキシン（ビタミンB6），葉酸，コバラミン（ビタミンB12），ビオチンおよびパントテン酸──である。脂溶性ビタミンにはレチノール（ビタミンA），コレカルシフェロールおよびエルゴカルシフェロール（ビタミンD），αトコフェロール（ビタミンE），さらにフィロキノンおよびメナキノン（ビタミンK）が含まれる。ビタミンA，E，およびB12だけは，ある程度までは体内に蓄えられる。 　必須微量ミネラルには，鉄，ヨウ素，フッ素，亜鉛，クロム，セレニウム，モリブデン，および銅が含まれる。 有機酸 以上などでイオン交換樹脂に吸着するもの。

(無題) 削除/引用 No.112-4 - 2007/08/26 (日) 09:46:15 - meg ＞通りすがり すみません。それは書けません。 ＞293 微量な成長のための因子　ですか。 それがどういったものかとか、分かりますか？

(無題) 削除/引用 No.112-3 - 2007/08/26 (日) 08:53:57 - 293 イオン交換樹脂に微量な成長のための因子が吸着しているということです。 大腸菌なんかでも、合成培地をつかうときは、超純水を使うと生えないことがあります。

(無題) 削除/引用 No.112-2 - 2007/08/26 (日) 08:16:23 - 通りすがり 何という菌ですか？

菌の増える水／増えない水 削除/引用 No.112-1 - 2007/08/25 (土) 22:13:50 - meg 今扱っている菌は、 イオン交換水で振っても増えませんが、 水道水では増えます どのような原因が考えられるか、何か思い当たる ことがある方がいましたら、教えて下さい。

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