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最近の考え 削除/引用 No.1113-5 - 2008/05/13 (火) 22:09:29 - ema 終わってるのにごめんなさいね。 Affymetrixはメジャーな遺伝子は同じchip内で複数のプローブを作成しています。（細かいことをいうとその範囲の中でも生データはさらに１２から２０プローブに分かれて１つのシグナル値を出してます） 解析が複雑になるから基本的には他の方がいってる考え方でいいのですが、最近の考え方として、一つのmRNAが活性化しているときに全ての配列で活性化するのではなく例えば遺伝子が複数の制御系に関わっているときにある系ではエクソン１、３、４、７が活性あとがサイレンス、他の系では２、３、５が活性化し後がサイレンスで振り分けているのではないかというものがでてきています。それを解析するソフトAffy開発してるはず。 そこを考慮してるとよほど解析に命をかけてないと、なので基本は参考にした論文（RTーPCRなどのプライマーが設計されているなど）配列に近接しているアレイのプローブで同一の結果がでていたら、OKとするのがいいと思います。

ありがとうございました！！ 削除/引用 No.1113-4 - 2008/05/12 (月) 08:15:24 - ゆみ おおさん、りょうさん、本当に有り難うございました。 確かに、"SeqDerivedFrom" が同一遺伝子でも異なっており、異なる部位で発現を見ている事が理解出来ました。とりあえず、今回は単一の実験のため再現性確認は出来ませんので、それぞれの遺伝子発現を比較し、同一遺伝子の異なる塩基配列部位での測定結果に矛盾が無いものを拾い上げ、矛盾があるものについては再考の余地ありと考えていきたいと思います。 みなさん、どうも有り難うございました。

(無題) 削除/引用 No.1113-3 - 2008/05/11 (日) 18:36:00 - りょう 同じ遺伝子で異なるプローブセット（スポット）が同様に変動していたら、１スポットでの変動していた遺伝子と比較して、より最もらしい変動がその遺伝子でおこっているとみなせると思います。 スポット間で逆の変動が起こった場合、単なる実験誤差で変動しやすい遺伝子とみなすか、それともsplice variantが存在し、各配列のコピー数が実際そのように変動している可能性も否定できないでしょう。発現アレイは複数回やらないと少々の変動ならいくらでも拾えます。複数回のデータをVenn diagram, Volcanoなどで再現性ありそうなものを絞っていくのがAffyに限らず主流な考え方でしょうし、網羅的データのノイズに研究者が振り回されないための、せめてもの気休め・言訳の材料になるでしょう。

(無題) 削除/引用 No.1113-2 - 2008/05/11 (日) 16:07:29 - おお アフィメトは使ったことがありませんのが、アフィメトである程度経験的に分かっていることがあるかもしれませんので、そのへんは直接聞いてみる方がいいとは思います。 >同じchip内で複数回測定 これは、同じ配列のプローブが複数のっているのか、違う配列で同じ遺伝子由来と考えられる配列がのっているのかで処理が違ってくると思いませんか? 私は個人的には、プローブの配列が違えば別のデーターであると考えるのがいいと思います。ですからそれぞれひとつずつ処理して独立に扱ったほうがいいと思います。でどうしてもその遺伝子の変化が重要であれば、実際にノーザンとか、PCRとかで確認するべきです。

マイクロアレイで重複して測定された遺伝子の扱い 削除/引用 No.1113-1 - 2008/05/11 (日) 15:43:21 - ゆみ マイクロアレイ結果の解析に苦しんでいる初心者です。Affymetrix gene chip を用いてマウスの臓器の炎症反応後の遺伝子の変化を調べています。遺伝子変化の膨大なリストを整理していて気付いたのですが、いくつかの遺伝子は同じchip内で複数回測定されており、そのため一つの遺伝子に対して微妙に値の違う複数（２〜３個）の結果が得られています。このような遺伝子変化の値は、どのように示せば良いのでしょうか？全ての結果を平均するか、一つを除いて捨ててしまうのか、何かお約束の取り扱い方があるのでしょうか？ パイロット的な実験なので、サンプルは複数実験で得られたものをプールし、マイクロアレイは１回だけ行っています。 どなたか宜しくお願いいたします。

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