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リアルタイムPCRの内在性コントロールの選択
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No.109-TOPIC - 2007/08/25 (土) 14:47:03 -
mTOR
白血病細胞株を使用して、ある阻害剤を加えたときのターゲット遺伝子の発現量の低下をリアルタイムPCRで測定しています。ターゲット遺伝子の発現量は、確かに低下するのですが内在性コントロールのGAPDHも低下してしまいます。(相対値をとると、変化なしの結果に…^^;)そこで質問ですが、内在性コントロールに選択するハウスキーピング遺伝子は阻害剤の前後で変化しないものを見つけなければならないのでしょうか?それともターゲットとの差だけと割り切って無視してすすめていけばよいのでしょうか?悩んでおります。
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ありがとうございます
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No.109-3 - 2007/08/25 (土) 17:14:44 -
mTOR
通りすがりさん、ありがとうございます。
いろいろなハウスキーピングで試してみます。
あと、追加で質問させていただきたいのですが、
このまま多くのハウスキーピングでコントロールが取れない時は
阻害剤投与の条件を甘くしていくと思うのですが、
濃度と時間のどちらかを先に甘くしたほうが良いなどということ
がありますでしょうか?
(無題)
削除/引用
No.109-2 - 2007/08/25 (土) 16:21:44 - 通りすがり
>内在性コントロールに選択するハウスキーピング遺伝子は阻害剤の前後で変化し
>ないものを見つけなければならないのでしょうか?
その通りです。actinとかtubulinとかrRNAとかいろいろやってみてください。
こういうことは正直それほど珍しいことではないので
数種類のハウスキーピングのprimerをラボなどで保持しておき
各自の実験系の予備段階で確認してから本番に進むようにしておくと
トラブルに成らなくて済みます。
また以前にも何度もtopicに出ている話なので探してみてください。
リアルタイムPCRの内在性コントロールの選択
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No.109-1 - 2007/08/25 (土) 14:47:03 -
mTOR
白血病細胞株を使用して、ある阻害剤を加えたときのターゲット遺伝子の発現量の低下をリアルタイムPCRで測定しています。ターゲット遺伝子の発現量は、確かに低下するのですが内在性コントロールのGAPDHも低下してしまいます。(相対値をとると、変化なしの結果に…^^;)そこで質問ですが、内在性コントロールに選択するハウスキーピング遺伝子は阻害剤の前後で変化しないものを見つけなければならないのでしょうか?それともターゲットとの差だけと割り切って無視してすすめていけばよいのでしょうか?悩んでおります。
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