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分光光度計によるDNA濃度の確認 トピック削除
No.1089-TOPIC - 2008/05/06 (火) 17:27:01 - cajun
タンパク質濃度を分光光度計(260 nm)で測定しています。
その際、サンプル量にあわせて、通常の石英セルもしくは500μL のミクロセルを用いています。
この前同じサンプルをこれら2種類のセルを用いて測定したら吸光度が間tt区異なっていました。希釈などは行なっておりません。
この理由としては何が考えられるのでしょうか?
実験初心者の質問ですが、よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.1089-12 - 2008/07/05 (土) 11:13:27 - おお
>[Re:8] ビオさんは書きました :

> セルの容量が変わると光路長(セルの内側の幅)が
> 変わる場合が多いです。

透明なやつで、正面からあてずに横からひかりを当ててませんか、、、、


> 測定機械によっては自動で補正してくれません。
> 光路長が半分になると吸光度は半分になります。
> なぜか多くの教科書ではこの事について、
> あまり丁寧に書かれていません。

モル吸光係数の単位;M-1 cm-1
単位を書いてないか、見てないのが一つ問題かもしれません。

RE:pH 削除/引用
No.1089-11 - 2008/07/02 (水) 17:45:13 - う〜んと
純水に希釈すると試料溶液の持ち込みのせいでpHが試料間で変動する危険があるので、通常はトリス緩衝液を使うと思います。

(無題) 削除/引用
No.1089-10 - 2008/07/02 (水) 14:53:00 - ビオ
すいません、私の見てきた実験法の解説書などでも、
吸光度による定量の「原理」を説明するパートには、
たしかに光路長に関して記載されています。

しかしながら、実際に分光光度計で得られた数値を、
濃度に変換する計算式などを解説するページでは
光路長に関しては記述がなく、
吸光度、希釈率、定数(DNAなら50、RNAなら40など)だけで
濃度を算出する式が書かれていました。
このような参考書は割りと多いと思うのですが・・

それで私も以前、容量の違うセルを混合して使っていたときに
吸光度が予想と大きくずれることがあり、原因がわからず困ったことが
あったので、下のように回答させていただきました。

(無題) 削除/引用
No.1089-9 - 2008/07/02 (水) 11:05:05 - Absorbance
500μL程度のミクロセルで光路長が違っているというのはあまり無いと思いますが・・・

また、吸光度がサンプルの濃度と光路長に比例している(ランバート・ベールの法則)ということが書かれていない教科書というのもそう多くはないように思います。

(無題) 削除/引用
No.1089-8 - 2008/07/02 (水) 03:51:57 - ビオ
かなり遅くなってますが、
Cajunさんへの回答です。

セルの容量が変わると光路長(セルの内側の幅)が
変わる場合が多いです。
測定機械によっては自動で補正してくれません。
光路長が半分になると吸光度は半分になります。
なぜか多くの教科書ではこの事について、
あまり丁寧に書かれていません。

pH 削除/引用
No.1089-6 - 2008/07/01 (火) 20:10:05 - alualu
便乗質問ですが、DNAを分光光度計で測定される場合、DNA溶液の溶媒は何でしょうか。純水でしょうか。測定時においてpHは7より、8〜9が良いと何かで聞いたことがあるので。(純水は先ほど測ったらpH7.7程度でした)

(無題) 削除/引用
No.1089-5 - 2008/05/10 (土) 23:33:21 - う〜んと
核酸のUV吸収は同じ濃度、同じpHなら、おなじ数値が得られるはずですね。
機械によっては光路の設計が原因で拡散や反射を拾ってしまうそうです。
お使いのキュベットでどの程度の範囲で定量性が得られるかを標準物質を使って検討することをお勧めします。

(無題) 削除/引用
No.1089-4 - 2008/05/07 (水) 12:42:25 - おお
吸光度で邪魔するものがなけれが、正確にDNAは測れるはずですが、実際正確な絶対値を必要とすることはまれです。混入しているもの、精製のしかた、度合いにもよりますが、どれくらいのオーダー(桁)かぐらいまでしか測れないと言う事はないと思います。
吸光度の検出はちゃんとした吸光度計を使うと、正確にはかれるのはOD=1前後です。ただし2を超えると振り切れているかそれに近いところまできているので、薄めた方がいいです。1前後で測るようにしたいものです。しかしながら、簡易型のマシーンが出回っていますので、1度そのマニュアルなど1度よんで、機械の特性を知っておくといいかと思います。

さて、同じサンプルを違うキュベットで測って、違う値が出たということですが、私の考えられることを既出事項含め以下に示します。

1)各キュベットの0点が違い、それぞれのブランクを取っていない。

2)吸光度が高すぎあるいは低すぎて正確に測れていない。

3)通常のキュベットに測定に必要な量サンプルが満たされていない。

4)マイクロキュベットは、サンプルの入る領域を狭めていますが、狭めているサンプルが入らない部分が透明か半透明で、そこにも吸光度計からの光が透過し、正確にはかれない(これについては周りが黒いやつを使っていれば問題ないです)。

5)UVランプの寿命が近づいていて、光源の供給が不安定である(この場合は同じキュベットでも変な値が出る可能性があります)。

6)マイクロキュベットの挿入の方向を間違えている(これは流石にないと思いますが、、、、)

7)4度で保存していたサンプルをいきなりキュベットにいれ、キュベットが曇った。

8)機械自体が調子悪い(光軸がずれたりして、光が十分供給されないとか、フォトマルやセンサーの劣化、光路にほこりがかんですなど)。

9)キュベットが汚染していた(例えばだれかが高濃度のDNAを入れて使って、あらわなかったものを使ったとか)。

(無題) 削除/引用
No.1089-3 - 2008/05/06 (火) 18:33:21 - A
UV(A260nm)によるDNA定量は簡易法であまり正確ではありませんから
ブランクを取ったとしてもセル毎に異なることは珍しくないと
思います。

私はUVで測定した値は
1.おおよそDNA量のオーダーがどれくらいなのか。
2.何か操作を行った際に相対的にどれぐらい回収できたのか。

を知る程度にしか使っていません。もちろん相対値を知りたい時には
同じセルを使います。

それとサンプルは希釈していないとのことですが得られた値は
いくつでしたか?蛋白質(A280)やDNAをUVによって定量する場合、より
正確な値を知りたいのであれば幾つか希釈系列をつくって値が
一定の範囲(確か0.1-0.05ぐらい)の間に来るようにして測定する必要が
あります。これはUVに限らずOD600によって酵母などの濁度を正確に
測りたい時にも言えることで希釈系列をつくってその値がある一定の
範囲に来るようにする必要があったはずです。その範囲がいくつで
あったのか残念ながらよく覚えていませんが。

(無題) 削除/引用
No.1089-2 - 2008/05/06 (火) 17:59:37 - ~
本質問とは関係ない疑問点ですが、測定したのはタンパク質なのですか?それともDNAなのですか?
何を測定したのか分からずに操作していたのですか?


セルだけが異なる条件で測定結果が異なっているのですよね。
cajun さんはどのような原因を考えたのですか?


その結果から、2種類のセル自体の吸光度が異なっていると予想されます。
水など複数のサンプルを測定することで、この予想があっているかを検討することが出来るでしょう。

また、この予想が正しいとすると、
異なるセルで測定する場合には、それぞれの0点(やスタンダード)を取らないと、測定結果が信用できないと考えられます。

分光光度計によるDNA濃度の確認 削除/引用
No.1089-1 - 2008/05/06 (火) 17:27:01 - cajun
タンパク質濃度を分光光度計(260 nm)で測定しています。
その際、サンプル量にあわせて、通常の石英セルもしくは500μL のミクロセルを用いています。
この前同じサンプルをこれら2種類のセルを用いて測定したら吸光度が間tt区異なっていました。希釈などは行なっておりません。
この理由としては何が考えられるのでしょうか?
実験初心者の質問ですが、よろしくお願いします。

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