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論文作成時の統計処理のとりかた トピック削除
No.4584-TOPIC - 2007/07/22 (日) 14:25:15 - えらいざー
いつも参考にさせていただいてます。
教えていただきたいのですが。
論文に必ずあるStstistical analysisの表記の仕方についてなどですが、
私は有意差を計算するのにT検定とWILCOXONテストをフリーソフトのRで計算しております。Nが3、4と小さいものはt検定で有意差が出やすく、逆にNがもう少し大きくなるとWILCOXONテストで有意差が出て、T検定で有意差が出なくなります。

このような場合、表記としては 「2者間検定をtテストで行い、そこで有意差が出なかったものに関してはWILCOXONテストをおこなった。」という内容でよろしいのでしょうか。
1つの論分中に両方の検定で算出したP値が混ざることになりますがそれぞれのデータ-でいちいちどちらの検定方法を使用したか表記が必要でしょうか。
教えてください。
 
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場合によってはできますが 削除/引用
No.4584-4 - 2007/07/24 (火) 12:31:16 - mom
>論文中にたとえば「Aのデータ-の解析ではtテストを用いたBの解析にはUテストを用いた.」問いうふうに注釈をつければ1枚のペーパー中で2つの2者間検定法を用いてもよいものなのでしょうか。

このような例はあります。ただし、検定方法が(あるいは、検定方法の決め方が)予め決まっていることが大事です。「データを見た後で、有意になりやすい検定方法を選んだ(後知恵とよばれます)」のでは、正しい検定とはいえないからです。

えらいざーさんが、「Nが少なくてt検定でないと有意差がでなかったデータはt検定、Nが多くてWilcoxonの順位和検定でないと有意差が出なかったデータはWilcoxonの順位和検定」にしたい、ということですと、「後知恵」といわれても仕方がないのです。

とはいえ、実験者が統計に詳しくないために間違った検定をしてしまうことはよくあることで、それを後から訂正したからといって「後知恵」といわれても困りますよね。

あらかじめ検定方法の決め方を決めておく、という方法は、多群の実験の場合に、等分散性の検定を行い、等分散ならパラメトリック検定、不等分散ならノンパラメトリック検定を行う例が良く見られます。不等分散になっている原因が外れ値にある場合、ノンパラメトリック検定の方が有意差が得られやすいことがあります。(ただ、本当は不等分散でノンパラメトリックというのは間違いなので異論もあるのですが、不等分散用の多重比較検定が一般的でないので、この手法はよく使われます。)

ところで、2群の場合ですと、正規分布の場合は不等分散に対応する検定方法が一般的に使われています。
1)正規分布&等分散→t検定
2)正規分布&不等分散→Welch検定
3)非正規分布→Wilcoxonの順位和検定

もし、Welch検定を試していないのでしたら、等分散性の検定(F検定)後、等分散のものはt検定、不等分散の場合はWelch検定で検定してみてください。論文にはその通り記載して問題ありません。

後は、正規性の検定をしてt検定とWilcoxonの順位和検定を分ける方法もあるかもしれませんが、n=3で正規性の検定をしても意味がなさそうな気がします…。想像では、えらいざーさんのデータはWilcoxonの順位和検定の方が良さそうですので、その場合はn=3でWilcoxonの順位和検定で有意差が得られないのは例数不足による検出力不足、と考えるのが自然な気がします。

あと、
>だめならSDではなくSEMで統計をとろうかと考えています。
S.D.の代わりにS.E.M.で統計をとるという意味がわかりませんが、もし、お使いのソフトが平均値とS.D.を入力して検定するようになっていて、S.D.の代わりにS.E.M.を使おうとされているのでしたら、それは間違いです。
グラフ表記をS.E.M.にすればエラーバーが小さくなって見えますが、それだけのことです。検定結果はデータのばらつきと誤差の大きさを比べるもので、データの分散の代わりにS.E.M.を持ってくることはできません。

(無題) 削除/引用
No.4584-3 - 2007/07/24 (火) 09:36:02 - えらいざー
たいへんご丁寧な返信ありがとうございます。

自分の間違いはよくわかりました。では、論文中にたとえば「Aのデータ-の解析ではtテストを用いたBの解析にはUテストを用いた.」問いうふうに注釈をつければ1枚のペーパー中で2つの2者間検定法を用いてもよいものなのでしょうか。

再実験すればよいのですがかなり時間と金と労力がかかる実験なので上記でいけるようならそうしたいのです。だめならSDではなくSEMで統計をとろうかと考えています。
これまた的はずれかもしれませんが、なにぶん素人ですのでご指導おねがいいたします。

検定を2重にやってはダメです 削除/引用
No.4584-2 - 2007/07/23 (月) 12:04:14 - mom
>2者間検定をtテストで行い、そこで有意差が出なかったものに関してはWILCOXONテストをおこなった。

この処理方法は間違いです。
t検定かWilcoxon検定かは検定前に決めておかなければならず、決めた方法で検定して有意差がなければ「有意差なし」です。有意差がなかった場合に別の検定をやり直す方法では、「有意水準5%」を守っていないことになります。

私はRを使ったことがないのですが、おそらくWILCOXONテストというのはWilcoxonの順位和検定(またはMann WhitneyのU検定)のことだと思います。t検定は母集団が正規分布であることを仮定した(パラメトリック)検定です。一方、Wilcoxonの順位和検定はノンパラメトリック検定で、定義が難しいのですが、おおざっぱにいうと、母集団の分布に依存しない検定です。「本来は」、データの分布によってどちらの検定を使うかが自ずと決まることになります。

母集団の分布について、標本分布から推測することになるのでしょうが、例数が少ない場合、正規性の検定をしても意味がない(検出力が低すぎてお話にならない)ことが多いです。計量データ(連続データ)の場合、特に理由がなければパラメトリック検定を使っていることが多いと思います。

例数が少ない場合にはノンパラメトリック検定は検出力が低いことが多いです。ただし、いわゆる外れ値がある場合には、ノンパラメトリック検定の方が検出力が高くなります。

どんなデータか知らずにモノを言うのは良くないですが、えらいざさんのデータではNが大きくなるとWilcoxonの方が有意差がでやすいということですから、データが正規分布していない可能性はないでしょうか。そうであれば、Wilcoxon検定に統一してしまい、例数を多めにするように(もしかしたら不可能なのかもしれませんが)なさると良いかもしれません。

ちなみに、母集団が正規分布する場合にノンパラメトリック検定を使った場合ですが、母集団の分布を規定していないわけですから、間違いというわけではありません。特に例数が少ないときに検出力が落ちるので損(?)をしますが、「有意差がないものを有意差ありとする」間違いは増えていません。つまり、「有意差あり」という検定結果には問題ありません。

論文作成時の統計処理のとりかた 削除/引用
No.4584-1 - 2007/07/22 (日) 14:25:15 - えらいざー
いつも参考にさせていただいてます。
教えていただきたいのですが。
論文に必ずあるStstistical analysisの表記の仕方についてなどですが、
私は有意差を計算するのにT検定とWILCOXONテストをフリーソフトのRで計算しております。Nが3、4と小さいものはt検定で有意差が出やすく、逆にNがもう少し大きくなるとWILCOXONテストで有意差が出て、T検定で有意差が出なくなります。

このような場合、表記としては 「2者間検定をtテストで行い、そこで有意差が出なかったものに関してはWILCOXONテストをおこなった。」という内容でよろしいのでしょうか。
1つの論分中に両方の検定で算出したP値が混ざることになりますがそれぞれのデータ-でいちいちどちらの検定方法を使用したか表記が必要でしょうか。
教えてください。

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