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Templiphiで増幅したBACの活用 トピック削除
No.4522-TOPIC - 2007/07/09 (月) 15:24:52 - temp
Templiphiを使用されている方がおられたら伺いたいのですが、

Templiphiで増幅したBACクローンを
1) 制限酵素切断
2) 物理的せん断(ソニケーション等)
の手法を用いて断片化し、ショットガンライブラリーの作成やクローニングに用いたという方はおられませんか。

これからBACライブラリーのショットガンシークエンスを行おうと考えていますが、操作の簡便化、プラスミド特異的な増幅というTempliphiの特性から、可能なら使用してみたいと思っています。

ただ、Templiphiでの増幅産物が複雑な高次構造を形成するという性質から、何らかの工夫が必要なのかもしれないと思っています。

templiphiでの増幅産物をシークエンス以外に使用する際に想定されるトラブルや、実際に使用してみてうまく行かなかったといった経験談等を聞かせていただけたらと思います。

よろしくお願い致します。
 
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ありがとうございます 削除/引用
No.4522-3 - 2007/07/12 (木) 01:23:24 - Temp
Templiphiの使用は基本的にシークエンステンプレート調製用と考えて、クローニング等へは、やはり、通常通りラージスケールで培養してプラスミド抽出をしようと思います。

アドバイスありがとうございます。

全長の増幅は無理です 削除/引用
No.4522-2 - 2007/07/09 (月) 22:17:31 - 一産婦人科医
シーケンスのテンプレート作りには全く問題なく使えますが、BACの全長を増幅しようとしても出来ません。
したがって、制限酵素マッピングやサザン等には適しません。ショットガンライブラリー程度なら問題ないです。クローニングはインサートの大きさによるでしょうけど、BACリコンビナリングの方がはるかに手っ取り早いです。

Templiphiで増幅したBACの活用 削除/引用
No.4522-1 - 2007/07/09 (月) 15:24:52 - temp
Templiphiを使用されている方がおられたら伺いたいのですが、

Templiphiで増幅したBACクローンを
1) 制限酵素切断
2) 物理的せん断(ソニケーション等)
の手法を用いて断片化し、ショットガンライブラリーの作成やクローニングに用いたという方はおられませんか。

これからBACライブラリーのショットガンシークエンスを行おうと考えていますが、操作の簡便化、プラスミド特異的な増幅というTempliphiの特性から、可能なら使用してみたいと思っています。

ただ、Templiphiでの増幅産物が複雑な高次構造を形成するという性質から、何らかの工夫が必要なのかもしれないと思っています。

templiphiでの増幅産物をシークエンス以外に使用する際に想定されるトラブルや、実際に使用してみてうまく行かなかったといった経験談等を聞かせていただけたらと思います。

よろしくお願い致します。

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