いつも困ったときは、ここでお世話になっています。
早速なのですが、今私は二本のRNAのライゲーションを行っています。
一つは、塩基が5bpの合成オリゴ（5'リン酸化、3'アミノ化）
もう一つは、In vitro転写したRNA(塩基は170bp)です。
この2つをT4 RNA Ligase(TAKARA)でライゲーションしました。
次に結合した1本鎖RNA（175bp）を精製し、固相化するわけですが、
その前に、反応が成功していることを確認したいと考えています。
確認するために、考えたのがポリアクリルアミドの電気泳動です。
20%のアクリルアミドゲルを用いて流せば、コントロール（170bp）
とのバンドの差（5bp）が出るのではと考えました。
実際20%のアクリルアミドゲルを用いて、ゲルの全長の半分くらいまでライゲーションしたサンプルを流しましたが、コントロールとの差（5bp）は出てません。（コントロールと同じサイズにあります。）
ライゲーションができてないのか、それともぎりぎりまで流してみないとわからないのか、判断ができません。
そこで、質問なのですが
20%のアクリルアミドゲルでぎりぎりまで流すと、5bpでもバンドの差は出るのでしょうか？
また
アクリルアミドの電気泳動でなく、ほかにRNAのライゲーション反応を確認する方法があるのでしょうか？
わかりにくい質問で申し訳ないのですが、どちらの質問でも何か些細なことがありましたら
アドバイスよろしくお願いします。 |
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