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トリプシン消化データベースを自作したい トピック削除
No.4471-TOPIC - 2007/06/27 (水) 20:58:05 - MSMS
手元に、あるバクテリアの全ORFアミノ酸配列情報を持っております。まだ公開はされていません。
そのバクテリアの蛋白同定をMALDI-TOF MassあたりのMassを用いて行いたく、
蛋白トリプシン消化のデータベースを自作できたらな、と考えています。
（もちろんその後に「検索ソフトウェア作り」という難関も待ち受けているわけですが・・・）

上記のような目的にそぐうソフトウェアをご存知の方、教えていただけませんでしょうか。
いちおうExPasyでPeptidecutterというのを見つけたのですが、
WEB用にできていて、数千におよぶORFをすべてコピペしてデータを得る、というのは
非常に骨が折れるな、と思っておりまして・・・

Perlでのプログラミングも構想してます
（UNIXは触ったことがある程度なのでこれから勉強するのですが（笑））
　
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(無題) 削除/引用
No.4471-6 - 2007/06/28 (木) 15:01:23 - MSMS
素人様、T様、ありがとうございます。

MASCOTにそんな機能が・・・うちのラボのにもついてるハズです。
既知のデータベースのみだと思い込んでました。
自前のデータベースの使い方、調べてみます。

T様
なるほど。おっしゃる通り、
該当アミノ酸が出るたびに値を保存して０に戻る、の方がシンプルですね。
ヒントをありがとうございました。
あと、PeptideCutterのルールのページは便利ですね！　見落としてました。
MASCOTが使えるのであればそれにこしたことはないのですが、
そのうちPerlでも簡単なプログラムが組めるようになりたいものです。

(無題) 削除/引用
No.4471-5 - 2007/06/27 (水) 21:30:42 - Ｔ
素人さんのおっしゃる通り、製品版の MASCOT などを購入すれば、どのような FASTA 形式のデータベースでも検索可能になります。
お金さえあれば一番簡単な解決策かもしれませんね。

(無題) 削除/引用
No.4471-4 - 2007/06/27 (水) 21:21:02 - Ｔ
「断片分子量」を０にセット
最初のメチオニンから順番にアミノ酸の分子量を「断片分子量」に足していく
Ｋ又はＲが来れば、http://www.expasy.ch/tools/peptidecutter/peptidecutter_enzymes.html のルールに基づいて切断するかどうか判定
切断箇所であれば、その時の「断片分子量」の値を別に保存して最初に戻る

というのを繰り返せばいいのでは？
Perl を使えば、ごく短いプログラムで実現可能だと思いますよ。

(無題) 削除/引用
No.4471-3 - 2007/06/27 (水) 21:19:58 - 素人
MASCOTで自前の配列データベースを検索させるようなセッティングが可能ではないでしょうか？違っていたらすみません。

Perlプログラミング構想の内容 削除/引用
No.4471-2 - 2007/06/27 (水) 21:04:41 - MSMS
トリプシン消化データベース

　FASTA形式になっている各ORFの情報を読み込ませる。
→RまたはKが出てきたら改行させる。
→各アミノ酸の記号に分子量を代入し、各行の合計値を記憶させる。
→全ORFについてやらせる。


検索ソフト（簡易）

　Massで得られた分子量の値を入力
→データベースの各値から入力値を引く
→絶対値が小さいものから順に並び替え
→該当ORF名を順に表示

もちろんリン酸化等修飾には対応できませんが、
簡易ソフトとしてはこんなもんでどうかなーと。
・・・無理でしょうかね〜

トリプシン消化データベースを自作したい 削除/引用
No.4471-1 - 2007/06/27 (水) 20:58:05 - MSMS
手元に、あるバクテリアの全ORFアミノ酸配列情報を持っております。まだ公開はされていません。
そのバクテリアの蛋白同定をMALDI-TOF MassあたりのMassを用いて行いたく、
蛋白トリプシン消化のデータベースを自作できたらな、と考えています。
（もちろんその後に「検索ソフトウェア作り」という難関も待ち受けているわけですが・・・）

上記のような目的にそぐうソフトウェアをご存知の方、教えていただけませんでしょうか。
いちおうExPasyでPeptidecutterというのを見つけたのですが、
WEB用にできていて、数千におよぶORFをすべてコピペしてデータを得る、というのは
非常に骨が折れるな、と思っておりまして・・・

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