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組織の面積測定 トピック削除
No.4439-TOPIC - 2007/06/21 (木) 09:29:29 - ねずみ
お世話になっております。

マウスの組織中の浸潤細胞数のカウントを単位面積あたりで行いたいのですが
骨組織などを含んでおり、それらを除いた面積を出したいのです。
以前誰かの発表でマークした部分の面積を測定するソフトがあったのを思い出したのですが、そのような面積測定ができるフリーソフトはないでしょうか。
IMAGEJでもできるのでしょうか。詳しい方がいたら教えてください
 
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Cell Counterプラグインについて 削除/引用
No.4439-8 - 2007/07/27 (金) 13:43:13 - Tanac
横から申し訳ありません。
私もCell Counterプラグインで手動で数えたいのですが、プラグインを起動すると画面の右端にウィンドウがはみ出てしまい、移動できません。
(OSはWindows2000です)

お気付きの点がございましたらご教示いただければ助かります。よろしくお願いします。

(無題) 削除/引用
No.4439-7 - 2007/06/27 (水) 11:17:55 - T
下に書いたページの

Installation:
Download cell_counter.jar to the plugins folder, or subfolder, restart ImageJ, and there will be a new "Cell Counter" command in the Plugins menu or submenu.

というくだりの cell_counter.jar の部分を右クリックして(Mac で1ボタンマウス使用なら ctrl キーを押しながらクリック)リンク先のファイルを適当な場所に保存します。その保存した cell_counter.jar という名前のファイルを ImageJ フォルダの中の plugins フォルダに入れます。あとは ImageJ を立ち上げ直せば、Plugins メニューに Cell Counter という項目が追加されているはずです。

(無題) 削除/引用
No.4439-6 - 2007/06/27 (水) 11:09:21 - ねずみ
Tさん、色々と丁寧に教えていただき大変感謝しております。

Analyze Particles にて細胞数のカウントはうまくいきそうです。

教えていただいたcell counterをプラグインして使おうかとしましたが
教えていただいたimageJのページからダウンロードはしましたが、使用方法がよく分かりません(ダウンロードしたものは文章テキストの形式で出てきます)。
非常に申し訳ないのですがプラグインのやり方を具体的に詳しく教えていただけないでしょうか。マニュアルを読んだのですがよく理解できませんでした

(無題) 削除/引用
No.4439-5 - 2007/06/22 (金) 19:37:07 - T
http://rsb.info.nih.gov/ij/docs/index.html
http://www.hm6.aitai.ne.jp/~maxcat/imageJ/docu.htm

(無題) 削除/引用
No.4439-4 - 2007/06/22 (金) 18:51:35 - ねずみ
ありがとうございます。ついでにあつかましいのですが使用方法の詳しい説明のあるサイトがあれば教えてください。

(無題) 削除/引用
No.4439-3 - 2007/06/21 (木) 10:51:23 - T
ついでですが、細胞数のカウントも ImageJ を利用できます。
染まっている細胞を全て数えればよいのであれば、Analyze Particles 機能で自動的にカウントできますし、個々の細胞を肉眼で見分けつつ手動でカウントする場合にも Cell Counter プラグインを使えば効率的です。
http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/cell-counter.html

(無題) 削除/引用
No.4439-2 - 2007/06/21 (木) 10:38:03 - T
ImageJ で可能です。
骨組織とその他の組織を色調などで自動的に見分けられれば楽ですが、最悪でも手動で選択すれば選択部分の面積は簡単に出せます。

組織の面積測定 削除/引用
No.4439-1 - 2007/06/21 (木) 09:29:29 - ねずみ
お世話になっております。

マウスの組織中の浸潤細胞数のカウントを単位面積あたりで行いたいのですが
骨組織などを含んでおり、それらを除いた面積を出したいのです。
以前誰かの発表でマークした部分の面積を測定するソフトがあったのを思い出したのですが、そのような面積測定ができるフリーソフトはないでしょうか。
IMAGEJでもできるのでしょうか。詳しい方がいたら教えてください

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