Bio Technical フォーラム

  • 書き込みがかなり増えてしまいサーバーの負荷が大きくなったので、新しいBioTechnicalフォーラムに移行してください。
  • 新しいトピックは新フォーラムでのみ立ち上げ可能です。レスもつけられません。

トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

最新のフォーラム | この次のフォーラム(readのみ) | このフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

コンピテントセルの選び方 トピック削除
No.4415-TOPIC - 2007/06/15 (金) 14:04:17 - ばい菌
素人質問で恐縮です。
ベクターも大腸菌も非常に多くの種類があると思うのですが、コンピテントセルを選ぶときに気をつけることはどんなことでしょうか。 マニュアル等に書いてあるときはいいのですが、自分で条件を変えたいときに戸惑います。
大腸菌の遺伝子型を見るとたくさん書かれていて、まず最初に何を見ればいいのかよくわかりません。 ベクターとコンピテントセルの組み合わせに関して、どなたか簡潔なアドバイスがあればよろしくお願いします。
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



7件 ( 1 〜 7 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.4415-7 - 2007/06/19 (火) 15:02:35 - host
> 持っているベクターを増やしたい場合、どの大腸菌でもいいのですか。

通常はそのとおりです。例に挙げておられるSTBLシリーズや別メーカーのABLEシリーズは、いずれもクローニングしにくいプラスミド(前者はリピート配列等の安定化、後者はコピー数の低下)の増幅に特化した株なので、あるプラスミドに限って形質転換体が得られないとか、増幅中に構造が変わってしまうとかの問題がない限りはTOP10を使えば良いでしょう。

> カナマイシン耐性のPlasmidを抽出したい場合は、Tn5の大腸菌は使えない、ということであっていますか。

その通りです。

(無題) 削除/引用
No.4415-6 - 2007/06/18 (月) 12:53:52 - a
アドバイスみたいなもんですが、

特殊なことをされていなければ、基本的にメジャーなstrainしか使用しません。kitにcompetent cellが付いているのであれば、それを使用されるほうが、あとあとトラブルが起きたときにも問題解決がし易くなります。

もし、勉強されたいのであれば
http://www.invitrogen.co.jp/products/pdf/compcellgd-j.pdf
も参考にされてはどうでしょうか?

コンピテンシーが必要か?
大きなサイズのプラスミドか?
発現ベクターか?
dam, dcm欠損株か?

一般的には上記のことを考慮に入れれば良いのではと思います。あとは、好みです。

参考までに。

なるほど 削除/引用
No.4415-5 - 2007/06/18 (月) 04:15:12 - 修行中
ご丁寧にお返事をありがとうございます。


>[Re:4] hostさん

有益なサイトの情報をありがとうございます。 勉強してみます。


>[Re:3] geneさん

> 素人質問といいながら、ずいぶん上級者向けのことをやろうとしているような。

まったく初めてではありませんが、まだまだ素人です。 とりあえず手元には数種のコンピテントセルしかありませんが、以前うまくいかなかったときに(XL1-blue)、別のラボの人からそこでよく使っているコンピテントセルを勧められ(確かstable2)分けてもらい、うまくいったのですが、なぜそれでうまくいったのか、相性がどう違ったのかよく理解できませんでした。



> 目的(クローニング、発現etc.)やベクター(プラスミド、λファージ etc.)によって目をつける遺伝子型のポイントが違いますし、最近各社でいろいろ改良を加えたシステムなんかは、汎用性がなくてそのためだけに勉強しなければならなかったりしますしねえ。


今よく使っているKitにはTOP10がついています。 どこの会社かもうお判りと思いますが。 ある活発な基礎のラボの人はその手のKitは好きではないといってました。。。 確かにとても高価なので、kitに頼らなくても自力でやれるのならば必要ないということでしょう。 今の環境では、kitは簡単で楽だとそればかり使い、うまくいかないと簡単に諦めてしまう人が多いのです。 高いのにもったいないなあ、、、自分で何でも考えてトラブルシューティングまでできる人がうらやましく、そうなれたらと思い、勉強したくなりました。
しかし奥が深そうですね。




>[Re:2] hostさん
> プラスミドの構築や調製だけが目的なら、どんなベクターでも基本的に同じ大腸菌株で良いでしょう(ただし、ベクターの持つ薬剤耐性遺伝子と同じ耐性を有する株は使えない)。



持っているベクターを増やしたい場合、どの大腸菌でもいいのですか。
カナマイシン耐性のPlasmidを抽出したい場合は、Tn5の大腸菌は使えない、ということであっていますか。

(無題) 削除/引用
No.4415-4 - 2007/06/15 (金) 22:56:26 - host
参考になるかも。
http://bio.takara.co.jp/catalog/catalog_d.asp?C_ID=C0419
http://bio.takara.co.jp/catalog/catalog_d.asp?C_ID=C0420

(無題) 削除/引用
No.4415-3 - 2007/06/15 (金) 17:45:14 - gene
>マニュアル等に書いてあるときはいいのですが、自分で条件を変えたいときに戸惑います。

素人質問といいながら、ずいぶん上級者向けのことをやろうとしているような。
どういうときに、どういう条件を変えたいと思っていらっしゃるのですか?

目的(クローニング、発現etc.)やベクター(プラスミド、λファージ etc.)によって目をつける遺伝子型のポイントが違いますし、最近各社でいろいろ改良を加えたシステムなんかは、汎用性がなくてそのためだけに勉強しなければならなかったりしますしねえ。

molecular workで使われる一般的な宿主と遺伝子型、遺伝子型の意味、用法などでしたら、試薬会社のカタログのappendixが手軽かつ効率よく情報が得られると思います(NEBあたりが一番充実しているでしょうか)。わたしもそれでだいぶ勉強しました。

(無題) 削除/引用
No.4415-2 - 2007/06/15 (金) 16:29:59 - host
プラスミドの構築や調製だけが目的なら、どんなベクターでも基本的に同じ大腸菌株で良いでしょう(ただし、ベクターの持つ薬剤耐性遺伝子と同じ耐性を有する株は使えない)。汎用されているものとしては、XL10-Gold、XL1-Blue、DH5、DH5α等が挙げられます。

タンパク質の発現等、別の目的にはそれに合わせた大腸菌株を使う必要はあります。

コンピテントセルの選び方 削除/引用
No.4415-1 - 2007/06/15 (金) 14:04:17 - ばい菌
素人質問で恐縮です。
ベクターも大腸菌も非常に多くの種類があると思うのですが、コンピテントセルを選ぶときに気をつけることはどんなことでしょうか。 マニュアル等に書いてあるときはいいのですが、自分で条件を変えたいときに戸惑います。
大腸菌の遺伝子型を見るとたくさん書かれていて、まず最初に何を見ればいいのかよくわかりません。 ベクターとコンピテントセルの組み合わせに関して、どなたか簡潔なアドバイスがあればよろしくお願いします。

7件 ( 1 〜 7 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。