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ClustalXの使い方 トピック削除
No.4410-TOPIC - 2007/06/14 (木) 16:12:00 - S
ClustalXを自分のPC(MacOSX)にダウンロードし、'load seqences'で、FASTA形式で書いたファイルを入力しても、一部分の配列しか表示されません。
なにが良くないのでしょうか?
配列を書いたファイルの形式(書き方)が良くないのでしょうか?
一応同じファイルを用いて、ゲノムネットやDDBJのClustalWでは普通に解析できます。
基本的なことですが、何がいけないのか、教えて頂けたら幸いです。
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.4410-8 - 2007/06/19 (火) 20:03:25 - S
> 改行コードはUNIXのもの(LF)になっていますか?
> マックのテキストのままだとダメだった気がします。
> 自分がClustalを使うときは「mi」というフリーのエディタで改行コードを変えてます。

miを使って改行コードを変えたらうまくいきました。
ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.4410-6 - 2007/06/19 (火) 11:41:57 - しましま
改行コードはUNIXのもの(LF)になっていますか?
マックのテキストのままだとダメだった気がします。
自分がClustalを使うときは「mi」というフリーのエディタで改行コードを変えてます。
miはここにあります。
http://www.mimikaki.net/

(無題) 削除/引用
No.4410-5 - 2007/06/18 (月) 20:00:18 - S
サンプルファイルがあったんですね。
試してみます。
ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.4410-4 - 2007/06/18 (月) 19:29:22 - 通りがかり
良く分からない表示ですね、、。汗
ClustalXのフォルダに入っているサンプルファイル「globin.pep」は、正常に読み込めますか?

(無題) 削除/引用
No.4410-3 - 2007/06/18 (月) 17:35:06 - S
分子名の欄には、一番最初に記入した分子名が、配列の欄には、一番最初に入力した分子の末端部分の約20アミノ酸のみが表示されてしまいます。
もしダメなようなら他のPCでやってみます。

(無題) 削除/引用
No.4410-2 - 2007/06/17 (日) 18:35:35 - 通りがかり
OS10.4.9(PowerBook G4)で、ClustalX 1.83は、問題なくFASTA形式のアライメントを読み込んでますよ。

>一部分の配列しか表示されません。
どのように表示されていますか?

ClustalXの使い方 削除/引用
No.4410-1 - 2007/06/14 (木) 16:12:00 - S
ClustalXを自分のPC(MacOSX)にダウンロードし、'load seqences'で、FASTA形式で書いたファイルを入力しても、一部分の配列しか表示されません。
なにが良くないのでしょうか?
配列を書いたファイルの形式(書き方)が良くないのでしょうか?
一応同じファイルを用いて、ゲノムネットやDDBJのClustalWでは普通に解析できます。
基本的なことですが、何がいけないのか、教えて頂けたら幸いです。

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