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(無題) 削除/引用 No.4393-7 - 2007/06/12 (火) 20:33:00 - そば シークエンス反応後の精製が不十分でフリーのdNTPを検出してしまっている可能性もあるのではないでしょうか。 使っている試薬と精製方法とか、もう少し情報が多いとコメントもしやすいと思うのですが。

(無題) 削除/引用 No.4393-6 - 2007/06/12 (火) 08:55:20 - ダイレクト > また、シークエンス反応を自前でやって泳動だけ外注しているのであれば、 その通りです。大変参考になりました。ありがとうございます！

(無題) 削除/引用 No.4393-5 - 2007/06/11 (月) 21:13:12 - seqman どのステップから外注かは分かりませんが、テンプレートを渡すのであればそれを減らすのは一つの方法です。短いDNAですので、モル数を揃えようとすれば、例えば4kbのプラスミドの1/40量以下で良いことになります。 また、シークエンス反応を自前でやって泳動だけ外注しているのであれば、今渡してある反応産物を返して貰って、一部を10倍に希釈して再度泳動して貰ってはいかがですか。

(無題) 削除/引用 No.4393-4 - 2007/06/11 (月) 21:01:48 - ダイレクト ご回答頂きありがとうございます。残念ながらシーケンスは外注で行っており、電圧等の指定ができないので、テンプレートの量を減らしてみようと思います。

(無題) 削除/引用 No.4393-3 - 2007/06/11 (月) 10:24:18 - seqman シグナルが飽和しているのだけが問題なのであれば、同じサンプルをそのままinjectionの電圧と時間を半分にして泳動し直してみれば良いのでは？

(無題) 削除/引用 No.4393-2 - 2007/06/11 (月) 09:54:18 - WALT テンプレートの量が多いと思います。 ABIのシークエンサーなら300-600ngもあれば十分です。 ぼくはPCR産物をカラムで精製したことがないので、カラムについてはわかりません。 シークエンス産物の精製はエタチンで十分です（エタチンでしかやったことがありません）。 奇麗に読めます。 お金があれば、カラムのほうが楽でしょうけど。

シーケンス波形のサチり 削除/引用 No.4393-1 - 2007/06/10 (日) 20:58:20 - ダイレクト 非常に基本的な質問で恐縮です。PCR産物(100bp弱)をQiagenのMinEluteで処理し、PCRに用いたプライマーを使ってシーケンスを試みていますが、最初の50bp位まで(サンプルによっては100bp)、シーケンスの波形が天井うちになってしまいます。 これはテンプレートが多すぎるのでしょうか？ もしくはMineluteが除去できなかった同程度の長さのDNA断片の影響でしょうか？ ご意見をうかがわせて頂ければ大変ありがたいです。

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