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新規 microRNAのqRT-PCRについて教えてください トピック削除
No.4385-TOPIC - 2007/06/08 (金) 18:02:03 -
以前にmicroRNAのクローニング手法についての
スレッドを書かせて頂いた者です。無事取れました!
その節は大変ありがとうございました。

今度は、microRNA(新規配列)の定量 qRT-PCR に
ついてお尋ねします。

Ambionの mirVana qRT-PCR miRNA Detection Kit は
新規配列の microRNA にも使えるものでしょうか?
自分でprimer (RT用とPCR用)を設計すれば良いと
思うのですが、RT-primerに何か細工が必要な気が
しているものの、よくわかりません...
キットが使えると簡便ですし利用できると良いのですが。

ご指南、どうぞよろしくお願い申し上げます。
 
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ノザン(もしくはRPA)のススメ 削除/引用
No.4385-2 - 2007/06/09 (土) 15:54:56 - そば
まず第一にAmbionの mirVana qRT-PCR miRNA Detection Kitは止めた方が良いかと。
そもそもAmbionがABIに吸収されてから、Ambionの方のmiRNA qPCRのキットは更新されてないですよね(2005年の12月が最後?)。それどころか、今やAmbionの方のページですらTaqManのRT-PCR kitの宣伝をしているくらいですし
http://www.ambion.com/jp/techlib/tn/134/4.html
ABIとしてはTaqManを使ったキットを推奨したいのだと思います(あくまで推測ですが)
ちなみに使用感も個人的にはイマイチでした。TaqManの方が良いです。

ただ、新規のmiRNAとなるとTaqManは販売してないですよね(ABIに問い合わせてみても良いかと思いますが・・・)
その他QIAGEN等のキットもありますが、こちらもプライマーは非公開ですよね。
やはり「qPCRは既知のmiRNAを定量するもの」と考えた方が良いと思います。

新規のmiRNAであれば、やはりノザンかRPAが無難なところになるのではないかと思いますが・・・。
新規をクローニングした場合、種々の組織由来のRNAを用いてノザン(またはRPA)を行い、そのmiRNAの組織特異性を見るのが常道かと思います(論文を探してみてください)

どうしてもRT-PCRにしたいのであれば、いくつかある論文を参考に自分で設計し、目的miRNAを定量的に測定できることを自分で証明する以外無いんじゃないでしょうか・・・。

新規 microRNAのqRT-PCRについて教えてください 削除/引用
No.4385-1 - 2007/06/08 (金) 18:02:03 -
以前にmicroRNAのクローニング手法についての
スレッドを書かせて頂いた者です。無事取れました!
その節は大変ありがとうございました。

今度は、microRNA(新規配列)の定量 qRT-PCR に
ついてお尋ねします。

Ambionの mirVana qRT-PCR miRNA Detection Kit は
新規配列の microRNA にも使えるものでしょうか?
自分でprimer (RT用とPCR用)を設計すれば良いと
思うのですが、RT-primerに何か細工が必要な気が
しているものの、よくわかりません...
キットが使えると簡便ですし利用できると良いのですが。

ご指南、どうぞよろしくお願い申し上げます。

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