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シーケンサーはキャピラリーですか？ 削除/引用 No.4332-4 - 2007/06/07 (木) 18:26:50 - kawa 電気泳動のメディアによって変性条件がどうも異なるようです。昔フラグメント解析をやっていたときスラブゲルでは配列によるmigrationのぶれはなかったんですが、キャピラリーになってから配列によるブレがでて困ったことがありました。おそらくポリマーの変性条件はスラブゲルの変性条件よりも幾分弱いのではと感じています。塩基部位によってわずかなブレがでるのはそのためでは？

そのとおり 削除/引用 No.4332-3 - 2007/06/03 (日) 21:48:29 - KO 　ATGCでは、ごく微妙に泳動度が異なるので ずれたピークになるのだと思います。 例えば、Bigdye terminatorではGの変わりに、 すこし修飾したGを使って 立体構造の形成を抑えています。この事から分かるように 変性条件化で泳動していても、配列によって 立体的あるいは静電的な性質が少し違い 泳動度の違いとして検出されるのではないかと思います。 　ですから、ATGCさんのお考えのように そのSNPがきちんとへテロである可能性は、 きわめて高いと思いますよ。 　一産婦人科医さんがおっしゃるように、サブクローニングをして ヘテロであることを確かめるのが、一番いいと思いますが。

サブクローニングすれば良いのでは？ 削除/引用 No.4332-2 - 2007/06/02 (土) 05:24:13 - 一産婦人科医 タイトル通です。

シークエンス時のダブルピーク 削除/引用 No.4332-1 - 2007/06/02 (土) 00:47:10 - AGTC シークエンス時にダブルピークになることを指標に SNP を探しています。いくつか見つかったのですが、そのうち一つが完全なダブルピークではなく、ピークの先端が微妙にずれたダブルピークになっています。２度やっても同じ結果となり、また、逆向きにシークエンスしてもこの場所に少しずれたダブルピークが見られます。また、データベースではここの配列はダブルピークのうちの片方です。 つまり少しずれているもう片方は変異由来の SNP だと思うのですが、この解釈は間違っていないでしょうか？ この部位の SNP が解析には非常に便利であるため、慎重に確認しています。

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