全3件 ( 1 〜 3 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用 No.4327-3 - 2007/06/03 (日) 12:55:09 - tip 返答有難うございます。 salmon spermを入れても効果は期待できないのですか…。 2、3に関しましてはある程度は検討したのですが、あまり改善しませんでした。 最近、Re-ChIPというものがありますが、これを応用して、一度ChIPしたものをもう一度同じ抗体でChIPすれば、backgroundは減るでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.4327-2 - 2007/06/02 (土) 07:51:15 - 通りすがり >IP中に、sonicated salmon spermを大量に混ぜることを考えているのですが、効 >果的でしょうか？もちろん、protein G agaroseの溶液中にはsonicated salmon >spermが入っているのですが、足りないのではないかと考えている次第です。 おそらくほとんど効果はありませんね。 慣れてる人とかだとそもそもpre-clearのstepとか spermDNAはいらないという人もいるぐらいですから。 対処法年としては 1.クロスリンクの時間を変えてみる 2.IPにかけるサンプルの量を減らす 3.Wash bufferの組成をよりstringentなものや、洗う回数を増やす 4.Primerをずらしてみる。 などでsignal/backgroundの比が高くなり改善されることはあります 正直、ChIPやってるひとはこの問題に必ず悩まされるものなので 有る程度は致し方ない部分はあります。 人によってはChIPというのは結合が極めて強いlocusしか検出しておらず 弱いものや一過性の結合は技術的に不可能だということで 新しい技術を模索する動きもあるぐらいなので、有る程度はそこを考えておく必要はあります。

ChIPのbackgroundの減らし方 削除/引用 No.4327-1 - 2007/06/01 (金) 21:34:19 - tip 皆様、以前、ChIPを立ち上げる際にトピックを作らせて頂き、大変お世話になりました。 それ以降、何回かChIPにトライしているのですが、なかなかうまくいきません。具体的な問題点として、バックグラウンドが高いことがありますので、また相談に乗っていただきたいと思っています。 upstate社のEZ ChIP Kitを用いてChIPを行っております。 目的とする抗体では全くpositiveな結果が得られていないのですが、AcH3抗体では、GAPDHやbeta-actin promoterのシグナルを得ることは出来ている状態です。 バックグラウンドが高いというのは、IgGを入れない、Protein G agaroseのChIPのみでも、0.1% inputと同じかそれよりも強い位のシグナルが出てしまいます。 明らかに高いバックグラウンドだと思いますし、原因がビーズへのDNAの非特異的吸着であることも明らかだと思います。 このバックグラウンドを減らすのには、どのような方法が効果的でしょうか？ 一つ考えているのは、IP中に、sonicated salmon spermを大量に混ぜることを考えているのですが、効果的でしょうか？もちろん、protein G agaroseの溶液中にはsonicated salmon spermが入っているのですが、足りないのではないかと考えている次第です。 よろしくお願いいたします

全3件 ( 1 〜 3 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する 名前  メール  　アドレス非公開    タイトル  本文       設定  クッキーを保存（次回の入力の手間を省けます） 上に上げない（トピックの一覧で一番上に移動させません） 解決（問題が解決した際にチェックしてください） 暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。 送信

---

〔使い方〕 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。

---