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DNAゲルからの切り出し時のUV波長 トピック削除
No.4324-TOPIC - 2007/06/01 (金) 17:12:24 - KY
DNAのゲルからの切り出し時に
使うトランスイルミネーターが、280nmの装置しかないのですが、
どれくらいDNAが損傷するものでしょうか?
 
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みなさん、ありがとうございました。 削除/引用
No.4324-7 - 2007/06/03 (日) 11:09:15 - KY
gene さん recさん 〜さん
ありがとうございました。
〜さんからご紹介いただいた方法で、できそうです。

(無題) 削除/引用
No.4324-6 - 2007/06/01 (金) 18:31:45 - recA
以前にこんなトピックもありました。
http://www.kenkyuu.net/cgi-biotech/biotechforum.cgi?mode=view;Code=2581

(無題) 削除/引用
No.4324-5 - 2007/06/01 (金) 17:59:19 - gene
260(短波長)だろうと280、310(長波長)だろうと切り出しするDNAには紫外線は当てるべきではありません。むかしは、長波長なら大丈夫だと信じられていましたが、やはり安全ではありません。

切り出している間中当てている必要はないし、ゲル全体にあてる必要もないのです。バンド位置が確認できる最小限だけ残してレーンの大部分をアルミフォイルなどで保護して、UV下ではバンド位置にナイフで印をつけるだけにして、後は白色光のもとで作業すれば、長波長であれ短波長であれ、被曝を最小限に出来ます。UV下でじっくり観察したければ、切り出した後で確認のためにやるだけで十分です。

ちなみに、短波長はDNAの吸収波長(したがってDNAにダメージをあたえやすい)、長波長はEtBrの吸収波長です。短波長のほうがDNAのあるところだけで効率よく励起がおこり(励起エネルギーはインターカレートしたEtBrに受け渡される)、フリーのEtBrが光らないのでS/Nがいいのです。

(無題) 削除/引用
No.4324-4 - 2007/06/01 (金) 17:45:56 - recA
254nmはいわゆる短波長です。「どれくらい」損傷するかというご質問にはきちんとお答えすることができませんが、多くの研究者はその波長を切り出しに使うことは避けるでしょう。

(無題) 削除/引用
No.4324-3 - 2007/06/01 (金) 17:44:35 - 〜
1.マーカーと泳動したウェルの端を掠めるように、縦にゲルを切る
2.マーカーと端の部分だけをEtBrで染める
3.UVを照射して、目的のバンドの位置を確認する
4.UVを当てない条件下でゲルの目的の部分を切り出す

でUVに当っていないDNAフラグメントを回収できます。

切り出した残りのゲルをEtBrで染めてみれば、
取り残しがないかを確認できます。
(残っていたフラグメントを回収して使うかどうかは場合によりますが)

DNAゲルからの切り出し時のUV波長 削除/引用
No.4324-2 - 2007/06/01 (金) 17:19:59 - KY
トランスイルミネーターの波長は254nmでした。
この装置では無理でしょうか?

DNAゲルからの切り出し時のUV波長 削除/引用
No.4324-1 - 2007/06/01 (金) 17:12:24 - KY
DNAのゲルからの切り出し時に
使うトランスイルミネーターが、280nmの装置しかないのですが、
どれくらいDNAが損傷するものでしょうか?

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