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免疫沈降でビーズがなくなっていきます トピック削除
No.4269-TOPIC - 2007/05/24 (木) 15:25:46 - 困ってます
免疫沈降を行っているのですが、困ったことが起こりました。

普段、plasmaにIP Bufferと抗体のくっついたビーズを入れてrotateした後、washを数回行っており、これに関しては問題なくいっております。

問題は、plasmaを入れずにIP BufferのみをIPしてwashした時なのです。上清を捨てる時、上清中に明らかにビーズが見えます。また、上清を除いた後、エッペンの壁にビーズが付いているのが非常に目立ちます。IP Bufferは市販のもので、ただのNaClの入ったリン酸緩衝液です。BSAや界面活性剤が入ってないからなのかもしれませんが、plasma+IP Bufferに比べて、液が硬い感じで、これが原因のような気がしています。

これはどのようにして解決するのがよいでしょうか?


ぜひ教えていただきたいと思っています。よろしくお願いします
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.4269-8 - 2007/05/25 (金) 12:14:38 - 困ってます
どうもありがとうございました。

BSAを加えるか、シリコナイズする方向で進めて行きたいと思います。

(無題) 削除/引用
No.4269-7 - 2007/05/25 (金) 09:37:37 - う〜んと
チューブをシリコナイズしておくと、界面活性剤がなくてもビーズが壁面にくっつくのが少し抑えられるので、遠心後に浮いてくるビーズも減りますよ。

(無題) 削除/引用
No.4269-6 - 2007/05/24 (木) 23:04:41 - スイング
教えてくださり、ありがとうございます。

>plasmaには界面活性剤のようなものが入っていると考えてよいのでしょうか?

よく存じませんが、Serum Albuminが界面活性剤にすこし似た働きをすることがありますが、基本的には違うと私は考えています。plasmaは超高濃度の蛋白を含んでおり、これが当該免疫沈降のシステムにはいい方向に働いているのかもしれません。蛋白濃度が高いと「液の硬い感じ」が薄れます。

(無題) 削除/引用
No.4269-5 - 2007/05/24 (木) 20:42:39 - 困ってます
追加なのですが、先述したように、plasmaが入っているときには、このような問題は起きませんでした。

plasmaには界面活性剤のようなものが入っていると考えてよいのでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.4269-4 - 2007/05/24 (木) 20:36:17 - 困ってます
ご回答ありがとうございます。

ミニカラムを拝見させていただきましたが、確かにこれを使うとロスがなさそうですね。

eicosanoidの抽出を行っておりまして、IP Bufferは、Cayman Chemical社のEicosanoid Affinity Column Buffer (Catalog No. 400220)です。IP後、EIAにもっていくのですが、EIA Bufferにも界面活性剤は入っていませんので、eicosanoidと界面活性剤は相性が悪いのかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.4269-3 - 2007/05/24 (木) 19:33:46 - スイング
指摘のあるように界面活性剤がないためだと思います。

もし界面活性剤を入れたくないなら、スイング式ローターでチューブの底にたまる感じだとロスが少なくなるかもしれません。

興味があるので、メーカーと液の名前をよかったら教えてください。界面活性剤なしだと、免疫沈降自体が私の場合うまく行かなかった記憶があります。

(無題) 削除/引用
No.4269-2 - 2007/05/24 (木) 19:18:21 - beads
界面活性剤を加えるわけにはいかないのですか。

別法としては、ビーズを漉し分けるためのミニカラムもありますが、界面活性剤を全く入れないと非特異的吸着が問題になるかもしれません。
http://www.piercenet.com/Products/Browse.cfm?fldID=863EB77C-4B2C-4946-B933-99A9165D5684

免疫沈降でビーズがなくなっていきます 削除/引用
No.4269-1 - 2007/05/24 (木) 15:25:46 - 困ってます
免疫沈降を行っているのですが、困ったことが起こりました。

普段、plasmaにIP Bufferと抗体のくっついたビーズを入れてrotateした後、washを数回行っており、これに関しては問題なくいっております。

問題は、plasmaを入れずにIP BufferのみをIPしてwashした時なのです。上清を捨てる時、上清中に明らかにビーズが見えます。また、上清を除いた後、エッペンの壁にビーズが付いているのが非常に目立ちます。IP Bufferは市販のもので、ただのNaClの入ったリン酸緩衝液です。BSAや界面活性剤が入ってないからなのかもしれませんが、plasma+IP Bufferに比べて、液が硬い感じで、これが原因のような気がしています。

これはどのようにして解決するのがよいでしょうか?


ぜひ教えていただきたいと思っています。よろしくお願いします

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