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(無題) 削除/引用 No.4249-5 - 2007/05/24 (木) 06:46:44 - おお ありがとうございました。 >[Re:4] geneさんは書きました : > S1はgapだけでなくnickの反対鎖も切りますが、酵素量が過剰になると完全な二本鎖も消化するので、怖いと言えば怖いですね。 なるほど。勉強になりました。 > 私なら、pol1でnick translation反応をして修復を考えるかな。 プロフェッショナルな答えですね。たぶんどのくらいのDNAがやられているかにもよるかもしれません。 > > 尿素はカオトロピック試薬なので、アガロースが固まらなさそう。 私もそんな気がしたのですが、、、、たぶんそういうことをしているを見ないのはできないからなんでしょうね。

(無題) 削除/引用 No.4249-4 - 2007/05/22 (火) 12:45:18 - gene S1はgapだけでなくnickの反対鎖も切りますが、酵素量が過剰になると完全な二本鎖も消化するので、怖いと言えば怖いですね。 私なら、pol1でnick translation反応をして修復を考えるかな。 Alkali agarose電気泳動は、S1 mappingなどでつかう一本鎖プローブを精製するときにも使われますから、いけると思います。 尿素はカオトロピック試薬なので、アガロースが固まらなさそう。

(無題) 削除/引用 No.4249-3 - 2007/05/22 (火) 12:35:43 - おお >[Re:2] アシタカさんは書きました : > S1 nuclease で処理してから、普通にアガロースゲルで分離する > というのではだめですか？ あ、なるほど。ただ、2本さでニックが入っているが、一本さが露出してなかったら切れないのかなぁとか気になります。それとヌクレアーゼはなんかちょっと気持ち悪いです。ごめんなさいすごく感覚的です。

S1 nuclease 削除/引用 No.4249-2 - 2007/05/22 (火) 11:50:04 - アシタカ S1 nuclease で処理してから、普通にアガロースゲルで分離する というのではだめですか？

intactのDNAを得る 削除/引用 No.4249-1 - 2007/05/21 (月) 21:36:11 - おお プラスミドをある特殊な条件で直さにしたとします。その条件の性質上ニックがはいったDNAが若干得られるとします。 intactのDNAを得るためどのような手法がいいでしょうか NaOH存在化で電気えい動する。 フォルムアミド存在下で編成させてウレア存在下で電気えい動する。 (この場合アガロースでもウレア使えるでしょうか?PAGEにはちょっとDNA長すぎるかなと、、) その他アイデアがあれば教えてください。

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