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変性剤存在下でDNAのエタチン トピック削除
No.4248-TOPIC - 2007/05/21 (月) 21:28:11 - おお
guanidineなどの変性剤存在下でプラスミドなどのDNAのエタチンは可能でしょうか?
 
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No.4248-7 - 2007/05/23 (水) 09:44:50 - おお
>[Re:6] 〜さんは書きました :
> Ureaだとこちらが参考になります。
> http://cse.fra.affrc.go.jp/ksaitoh/extractDNA.html
>
> 私は培養細胞でやりましたが、8M Urea存在下でエタ沈できました。

ウレアつかえましたか。
そういえばNaIを使ってゲノムの精製というのがありました。
エタチンする場合でもこういうカオトロピック試薬を使うというプロトコールが増えてきてるようですね。きっときれいになるんでしょうね。

昔は酵素反応とかうまく行かなかった場合は、DNAが汚いかもしれないのでPhenol/CIAA処理しろなんていうことがしばしでしたが、その代わりのウレアいれてエタチンみたいなふうになるかも、、、ならないか。

(無題) 削除/引用
No.4248-6 - 2007/05/22 (火) 18:34:32 - 〜
Ureaだとこちらが参考になります。
http://cse.fra.affrc.go.jp/ksaitoh/extractDNA.html

私は培養細胞でやりましたが、8M Urea存在下でエタ沈できました。

(無題) 削除/引用
No.4248-5 - 2007/05/22 (火) 11:08:26 - おお
>[Re:4] 〜さんは書きました :
> DNA精製を目的でやったことはありませんが、
> GTC溶液と酸性フェノールを使ったRNA抽出では、
> GTC存在下で酸性フェノールでDNAを除いた上で、RNAをイソプロ沈します。
> イソプロ沈できるので、エタ沈も可能だと思います。

あ、そうでした。そうですね。思い出しました。
ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.4248-4 - 2007/05/22 (火) 08:28:20 - 〜
DNA精製を目的でやったことはありませんが、
GTC溶液と酸性フェノールを使ったRNA抽出では、
GTC存在下で酸性フェノールでDNAを除いた上で、RNAをイソプロ沈します。
イソプロ沈できるので、エタ沈も可能だと思います。

NaIならば、ガラスビーズにつけて回収してはいかがでしょうか。
ペレットにはなりませんが、精製することができます。

(無題) 削除/引用
No.4248-3 - 2007/05/22 (火) 04:07:29 - おお
>[Re:2] ちょっと違いますがさんは書きました :
> うちのラボでは変性エタノールを使っていて、中に人体に有害な有機溶剤(変性材)がたくさん入っていました。

ありがとうございます。ちょっと表現がわるかったですね。
変性剤といったのはよくシリカをつかったDNA精製で用いられるカオトロピックな作用を示すものです。ウレア、NaI,guanidineといった類のものです。

(無題) 削除/引用
No.4248-2 - 2007/05/22 (火) 03:28:39 - ちょっと違いますが
うちのラボでは変性エタノールを使っていて、中に人体に有害な有機溶剤(変性材)がたくさん入っていました。でもエタ沈はできました。留学当初は「変性」エタノールであることに気づかず使っていましたが、私はこのエタノールは生理的に嫌いだったので気づいた瞬間密かに純エタノールを買って使っています。

変性剤存在下でDNAのエタチン 削除/引用
No.4248-1 - 2007/05/21 (月) 21:28:11 - おお
guanidineなどの変性剤存在下でプラスミドなどのDNAのエタチンは可能でしょうか?

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