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(無題) 削除/引用 No.4232-7 - 2007/05/21 (月) 15:57:16 - No5 貴重な意見ありがとうございます。 言われたとおりに検索したところ解決しました。 やはり推測は正しかったようです。 これで安心して実験に取りかかれます。どうもありがとうございました。

うーん 削除/引用 No.4232-6 - 2007/05/18 (金) 22:36:03 - SYBR_master dryにとっては基礎的でしょうけど、wetにとってはかなり高度な話だと思いますよ、普段は必須ではないですから。infomaticsを本格的にでもしていない限り、どのIDがどれに対応して何を意味するかはおおざっぱに解ればいいと思っています。 LOCはEntrez Geneのsymbolですね。数字はGeneIDです。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene のFAQに書いてあったと記憶しています。 まあ、大して意味は無く、map上に配置させるのに既存のsymbol=gene nameが無いときに使う物です。同じ画面を見ている訳ではないのでなんなんですが、たぶんlinkでmRNAかgenomeのaccession (RefSeq)があると思います。1-2文字の英字の後に数字が並んでいるのがaccessionです。 NMで始まるのはRefSeqというカテゴリーのaccessionに当たります。詳細は http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/ を見てください。 >その後、考えました私の認識としてはbuid2.1で登録され、他の動物種の遺伝子に相同性が高かったために名前も付いたのですがbuid3.1でより相同性の高いものが引っかかっために遺伝子の名前が移動したのではと思っているのですがどうでしょうか？ たぶんかなり当たっていると思います。探し方(blastなのか、mapから探したのか、textなのか）で結果の画面が異なるのであくまで僕の予想としておきます。build 2.1の時にはmRNAの登録があり、そこからRefSeqのNM_XXXXXX.1をNCBIが作成した（その時gene nameも登録されていたmRNAから引用）。で、それをbuild 2.1のときにsymbolに採用していたか、symbolが作成されておらずNM_XXXXXX.1に直接hitした。でもbuild 3.1のときのgenome dataからannotationされたmRNAが2.1のNMの配列より長くなって、コードするproteinに違いが出ているんでNMが修正された（NM_XXXXXX.2 またはXM_XXXXXX.1に変更）。この時symbol が以前のでは不都合が生じた（もっと正しそうな物が出てきた）ため、LCXXXXXXに変更されている、ではないかと。でLCXXXXXXのdescriptionが”similar to 遺伝子名”に成ったんではないでしょうか。 調べるには、NM_XXXXXX.1のcomment欄にそのRefseqが何に由来しているか書いてありますのでそのデータを見に行きます。それが一番最初の登録配列になります。でLCXXXXXXに対応すRefSeq(NM or XM)とUnigene（今回はBt.XXXXX)を探し出せば全体の変遷が判るかと思います。

(無題) 削除/引用 No.4232-5 - 2007/05/18 (金) 21:24:30 - jazzmessenger >[Re:3] SYBR_masterさんは書きました : > DDBJやGenbankが（登録者に無断で）entryを変更する事はあり得ません。 > 基本的にentryの変更は登録者以外は不可です。たとえその配列が登録生物中には存在していない配列であったとしてもです。ですから間違った配列を登録した場合、登録者が修正もしくは取り下げない限り永久に晒され続けます。 説明不足で誤解を招いたかもしれません。SYBR_masterさんの仰るとおり、個人が登録したものは登録者しか変更できませんね。先月参加したNCBIのField Guideでは、パパイヤのゲノムにヒトのY染色体シークエンスを登録されている話がでました。NCBIが登録者にコンタクトしても取り下げてくれない、と言っていました。しかし、RefSeqの遺伝子名やSNPのrs＃などはNCBI等が管理しているので、変更は結構ありますよ。

(無題) 削除/引用 No.4232-4 - 2007/05/18 (金) 18:52:56 - No5 回答ありがとうございます。 NCBIのMAP viewerを使用しました。そこで BLAST Bos taurus (cow) Build 3.1 BLAST Bos taurus (cow) Build 2.1 といった形で動物種をえらぶ欄が有りましたので両方で調べたところbuid 3.1のほうは新しく登録されたものが出てきたのですがbuid 2.1で調べると先にもかきましたようにreplaceされたというメッセージが入った配列が出てきました。そしてbuid3.1のほうでその部分の情報を調べると”similar to 遺伝子名”といった形で登録されていました。 その後、考えました私の認識としてはbuid2.1で登録され、他の動物種の遺伝子に相同性が高かったために名前も付いたのですがbuid3.1でより相同性の高いものが引っかかっために遺伝子の名前が移動したのではと思っているのですがどうでしょうか？ そしてbuid2.1でのaccessionの文字列はNMですがbuid3.1ではLOCとなっておりました。 commentはThis record has not yet been subject to final NCBI review.となっていました。 非常に基礎的な部分での質問になってしましまして申し訳ありません。

え？ 削除/引用 No.4232-3 - 2007/05/18 (金) 16:00:49 - SYBR_master DDBJやGenbankが（登録者に無断で）entryを変更する事はあり得ません。 基本的にentryの変更は登録者以外は不可です。たとえその配列が登録生物中には存在していない配列であったとしてもです。ですから間違った配列を登録した場合、登録者が修正もしくは取り下げない限り永久に晒され続けます。full length cDNAとdeffinitionに書かれているにもかかわらず、配列がlambdaのpartial sequenceである物はblastをかけてみれば結構見つかります。 No5様 >ところがこの遺伝子をgen bankで調べたところthis record has been replaced by（89****）となっております。 いきなりreplaceされる前のデータが出てくる事は無いはずですが、giでsearchしたの？。 もう少し情報ください。 Accsession の頭文字はNMやXMですか？ それとも他の文字列ですか？ 配列情報の中のCOMMENT欄には何が書いてあります？

(無題) 削除/引用 No.4232-2 - 2007/05/17 (木) 21:04:03 - jazzmessenger 別々の遺伝子と考えられていたものが実は重複したエントリーだったり、新しい遺伝子名が付いたりという理由で、エントリーが変更されたりするようです。置き換えられる前の遺伝子が存在しないというわけでは無いと思います。

genbankの登録内容について 削除/引用 No.4232-1 - 2007/05/17 (木) 14:21:14 - No5 現在、ウシのある遺伝子の解析を行おうと思っています。 ところがこの遺伝子をgen bankで調べたところthis record has been replaced by（89****）となっております。２００６年に発表されたウシのゲノムプロジェクトの遺伝子に置き換えられたのだと思いますが、置き換えられた情報は完全ではなく染色体上の位置がまだわかっていなかったりします。置き換えられる前の遺伝子の情報は多くあります。置き換えられる前の遺伝子はなぜに置き換えられてしまったのでしょうか？また、この置き換えられる前の遺伝子が存在しないというわけでは有りませんよね？ こういった情報は調べても論文発表等はおそらくされておらず理由がわからないので何かご存じのかたがいましたら何か教えてください。宜しくお願いします。

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