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核酸用吸光光度計の精度 トピック削除
No.4216-TOPIC - 2007/05/15 (火) 10:57:07 - カナマイシン
いつもお世話になっております。

さて、所属ラボの核酸測定用吸光光度計の精度が非常に低い気がしてなりません。
DNAやRNAのOD260,280なんかを測定するヤツです。
「気がしてならない」というのは、同様の機械を他ラボで使ったことがないため
比較できないからです。皆様のご意見をいただければ幸いです。
新しいものを買うよう責任者を説得するかどうか決め手に欠ける状態ですので・・・

タイプとしては、10 ulのセルに入れて測定するものです。
セルの容量によってスケールは可変なのですが、
サンプルの性質(微量)上いつも10 ulのセルを使っています。
10 ul ちょうどでは乾燥等こわいので、12 ul入れるようにしてます。
主に230-450 nmの吸収波長をグラフで示してくれます。
積算回数は250回。Maxにしてます。

状態ですが、吸収が安定しません(こんなもんなのかもしれませんが)。
同一サンプルを連続で測定しても、260や280の値は平気でプラスマイナス0.1。
これに伴い260/280 Ratioもプラスマイナス0.1が当たり前、という状況です。
そもそも、連続波長の吸収を示すグラフが滑らかでありません。
教科書で見るような綺麗な波形(に近い波形)は 20 回に 1 回くらい得られます。

皆様のお持ちのものはいかがでしょうか?
やはりサンプル量が少ないとこんなもんなんでしょうか?
更に、原因がわかる方はご教授いただけると幸いです。

ちなみに以前メーカーに相談したところ「ランプ寿命切れに間違いないから交換しろ」
と言われ、交換したもののあまり改善が見られませんでした。
高かった・・・そして対応悪かった・・・
 
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(無題) 削除/引用
No.4216-6 - 2007/05/17 (木) 11:06:22 - おお
>[Re:3] カナマイシンさんは書きました :

> ベースもそこそこぶれます。水でもそこそこぶれます。
> しかし、サンプルが濃いめ(といってもOD 0.3くらいから)の時に
> よりぶれる印象があります。
>
ナノドロップやこの手のものは精度が必要な時にはちょっと敬遠したいとおもっています。といってもたいていの実験はそんなに精度がいるかどうかというと必要ないのが現状ですが、、、

このての測定方法は、一つは光路長が短く非常にたかいODでも測定可能ですが、薄い時は若干苦しくなりますそのため、測定回数を増やしてノイズを除けるような工夫をしているのだと思います。

OD 0.3でダメというとなるとそういう意味では全然ダメですね。最初からそんな状態だったんでしょうか?それならば最初から壊れていたのではと思ったりしますが

で、ベースラインはこの手のやつはしばしぶれますね(メーカーやデーターの処理の仕方によると思いますが)。

余裕があれば 削除/引用
No.4216-5 - 2007/05/16 (水) 16:12:56 - 仕事中
メンテナンスに出して校正から精度保証までしていただいたらいかがでしょうか? 
使用不使用に関わらず年数が経てば誤差は生じます。埃が多い部屋というお話ですので機械内部に溜まった汚れが悪さをしているかもしれません。




また標準品が入手できるのであれば一度測定してみることをお勧めします。





ナノドロップは簡便で使い勝手はよいですが、精度は期待しないほうがよいですよ。サンプルは微量ですむし、測定可能濃度範囲も非常に広いので重宝しますが、その分精度は信頼性に欠けます。(複数回測定すれば吸収できる程度ですが)

(無題) 削除/引用
No.4216-4 - 2007/05/16 (水) 13:49:53 - 奴隷
電源容量ギリギリで使っているせいで、電圧が安定していないという可能性はありませんか?

(無題) 削除/引用
No.4216-3 - 2007/05/16 (水) 13:28:40 - カナマイシン
おお様
なるほど、プライマーの濃度測定はいい案ですね。
定量性の正確さを調べるためにやってみたいと思います。

ちなみに吸収波長は基本的に汚いです。
20回に1回くらいきれいなんですが(笑)
信用してよいのかどうか。

セルの汚れには気をつけているつもりですが、
光路、ミラー、ファイバーについては気をつけていません。
チェックしてみようと思います。置いてあるのはホコリの多めの部屋なので・・・

ベースもそこそこぶれます。水でもそこそこぶれます。
しかし、サンプルが濃いめ(といってもOD 0.3くらいから)の時に
よりぶれる印象があります。

会社名は・・・言えません(笑)

ナノドロップ欲しいな〜
評判良いみたいですよね?

(無題) 削除/引用
No.4216-2 - 2007/05/15 (火) 12:24:01 - おお
ランプを私も疑ったのですが、交換したのですね。何か手元にある濃度の分かっているプライマーとかを一度測定してみてはどうでしょうか、、といいますかそういうものが基準に正確かどうかを決めれると思いますが、、、OD値はその器械の検出限界より高い値で検出しているかとかチェックする必要があるかもしれません。吸収波長はきれいにでてますか?

あとぶれる理由はセルの汚れとかも可能性があります。それと光路にゴミとか溜まっていたらランプぎれと同じ症状が出るかもしれませんね。あとは光を導いているもの(ミラーやファイバーの)位置がなんかのショックとかで動いてしまった場合も、感度が下がったり測定ができなくなったりします。

セルを挿入しないでも(空のセルや、水)ぶれる場合は、機械的にまずいことが起こっている可能性が大です。メーカーにいってなおしてもらわないと手が出ないと思います。もし取り説がまだ手元にある時は器械の性能とかもチェックした方がいいでしょうね、検出誤差、限界とか。0.1のあたいがぶれて0.2になるとかだと全然使い物になりませんけどね。毎回ベースも動いてませんか?日立のやつかなぁ。

核酸用吸光光度計の精度 削除/引用
No.4216-1 - 2007/05/15 (火) 10:57:07 - カナマイシン
いつもお世話になっております。

さて、所属ラボの核酸測定用吸光光度計の精度が非常に低い気がしてなりません。
DNAやRNAのOD260,280なんかを測定するヤツです。
「気がしてならない」というのは、同様の機械を他ラボで使ったことがないため
比較できないからです。皆様のご意見をいただければ幸いです。
新しいものを買うよう責任者を説得するかどうか決め手に欠ける状態ですので・・・

タイプとしては、10 ulのセルに入れて測定するものです。
セルの容量によってスケールは可変なのですが、
サンプルの性質(微量)上いつも10 ulのセルを使っています。
10 ul ちょうどでは乾燥等こわいので、12 ul入れるようにしてます。
主に230-450 nmの吸収波長をグラフで示してくれます。
積算回数は250回。Maxにしてます。

状態ですが、吸収が安定しません(こんなもんなのかもしれませんが)。
同一サンプルを連続で測定しても、260や280の値は平気でプラスマイナス0.1。
これに伴い260/280 Ratioもプラスマイナス0.1が当たり前、という状況です。
そもそも、連続波長の吸収を示すグラフが滑らかでありません。
教科書で見るような綺麗な波形(に近い波形)は 20 回に 1 回くらい得られます。

皆様のお持ちのものはいかがでしょうか?
やはりサンプル量が少ないとこんなもんなんでしょうか?
更に、原因がわかる方はご教授いただけると幸いです。

ちなみに以前メーカーに相談したところ「ランプ寿命切れに間違いないから交換しろ」
と言われ、交換したもののあまり改善が見られませんでした。
高かった・・・そして対応悪かった・・・

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