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ペプチド抗原性検索ツール 削除/引用 No.4160-6 - 2007/05/10 (木) 00:48:30 - stride 質問者のstrideです。お教えいただきありがとうございます。いまいるラボの最近の抗体作成は、すべてペプチドポリクローナル抗血清で成功率は6-7割程度です。受注した半分ほどは抗血清のままで、ウエスタン、IP、免染に使えています。しかしロット差も大きく、同じペプチド配列でも毎回うまくできるとはかぎりません。半分近くは失敗するわけですし博打だとは私も思います。 ところで http://bio.dfci.harvard.edu/Tools/antigenic.pl に、ペプチド抗原の抗原性の高い部位を検索するWEBソフトがありますが、どなたかお使いになった人はいるでしょうか？または似たようなソフトを使ったことがある方がいれば、ご感想をお話いただければ幸いに存じます。

(無題) 削除/引用 No.4160-5 - 2007/05/09 (水) 11:46:15 - 博打 まず、ペプチド抗体自体が博打的なものが十分あると私は思っています。MHCとかの関係で、抗体ができない場合もあります。 抗原決定基も、抗体がうまく特異性のある連続した残基をえらんでくれるとは限りませんよ。よってデザインでコントロールできる部分はそれほど多くないかと。特異的な抗体が欲しいようですが、そうなら、デザインはいちばん特異性がある配列にするしかないのでは？長さが決まっているなら。 ペプチドで今ある抗体、またできてくる抗体を精製する方法もあります。このとき、データベースから非特異的な抗体を除くようにペプチドを作り直すこともアリ。（私なら、ペプチド抗原は避けます）

Extra Band 削除/引用 No.4160-4 - 2007/05/09 (水) 06:59:35 - stride 質問者のstrideです。 お教えいただきありがとうございます。私の質問が誤解を生む文章であったことを、お詫びいたします。抗体受託メーカーにはこれから聞いてみます。 実は以前に今回と同じ蛋白のペプチド抗体を作ってもらったことがあります。抗原ペプチドの長さは15amino acidでした。作成された抗血清は抗原ペプチドでアフィニティ精製しました。免染では、いかにも染まりそうな種類の細胞が染まったのですが、ウエスタンでチェックしたところ、目的蛋白のバンド以外にいくつかのエクストラバンドが見られました。220kDa以上と30kDa以下のバンドは目的蛋白よりも濃く現れました。抗原ペプチドを用いたブロッキングではすべてのバンドが消失しましたので、ペプチドの設計に問題があったようだと考えております。 別プロジェクトが忙しくなり、この実験は一時中断していますが、秋には再開できる見込みがたちました。新しい抗体受注をボスに頼んだところ、多分大丈夫と返事をされ、気が変わらないうちにと新規ペプチドの設計をしている最中です。 前回の設計時にもBlastで検索したのですが、7amino acid以下の連続した一致は無視し、親水性や蛋白表面に出てそうな場所を重視した設計をしました。今回は配列特異性を重視しようと考えていますが、どこまで閾値を下げれば良いか分からず困っています。関係ありそうな情報なら何でも結構ですので、お教えいただけないでしょうか。よろしくお願いいたします。

(無題) 削除/引用 No.4160-3 - 2007/05/08 (火) 08:46:26 - 通りすがり 一応構造学的な解析から、通常は抗体は３〜６アミノ酸を抗原認識部位で 認識していることがわかってます。 だから通常はペプチドで抗体を作るときは 理論的には最低7アミノ酸程度の特異的部位を標的にすることが必要でしょうね まあアミノ酸の種類によっても若干変わりますが。 一般的には合成のしやすさや会社にとっての回収利益や経験的な ものを考えて10~15アミノ酸ぐらいでやることが多いです。 また以前近いことを経験してますが (非常に相同性の高いファミリー分子を区別する抗体) そのような場合、会社に依頼するときは ペプチド合成はもちろん引き受けてくれますが 抗体作成まで依頼するとできるかどうか 保障しかねるという理由で断られたことがあります。 やっぱり難しいのでしょうね。 ただ実際には1アミノ酸の違いを認識できるモノクロ抗体もあります。 (変異型の癌遺伝子の特異的抗体とか) これらは偶然見つかったとか,大量にスクリーニングして得られたことが多いのでそういう労力を覚悟すれば手に入るかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.4160-2 - 2007/05/07 (月) 18:47:06 - 質問 このペプチド抗体を作る目的が分からないのでちゃんとした事言えないけど、もう少し長いペプチドとかにしたら似てる蛋白質ずっと少なくなるのではないでしょうか。ふつうペプチド抗体作るときは10〜15アミノ酸残基くらいでやることが多い思うし（ていうか前にペプチド抗体作るんでペプチド合成頼んだらその会社にそうアドバイスされた）。アミノ酸組成によっては溶けにくくなる事もあるし（そのときはそのときでやりかたあるみたいだけど）、抗原性高い配列とか、c末とか修飾いれるといいとか、ペプチド合成含めて受託で抗体作ってくれる会社とかならそういういろんなノウハウあるのでよく聞いてみるといい。（合成だけの注文でも、抗体作成が目的といえばいろいろアドバイスしてくれる。）

ペプチド抗原の特異性について 削除/引用 No.4160-1 - 2007/05/06 (日) 08:47:44 - stride ペプチド抗体を作成しようとして、候補のペプチドをＢＬＡＳＴで調べているのですが、調べたどのペプチドでも連続した4または5アミノ酸が、目的外の蛋白と一致してしまいます。 どの程度まで他の蛋白と一致しなければ、ペプチド抗体作成に踏み切ってよいものでしょうか？よろしくお教えください。

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