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(無題) 削除/引用 No.4140-11 - 2007/05/11 (金) 16:37:40 - gene 市販品はTransgenomic社のSurveyorというキットがほとんど唯一のものらしいです。 http://www.transgenomic.com/pd/Surveyor/SURVEYOR.asp

(無題) 削除/引用 No.4140-10 - 2007/05/11 (金) 15:56:49 - ごえもん ありがとうございます。だいぶ実験系を具体化することができてきました。非常に助かっております。 ところでCEL 1という酵素はどうすれば手にはいるのでしょうか？自分でも調べましたが植物から精製するしか今のところ方法はないのでしょうか？またはこれ以外にミスマッチを認識する酵素が有りましたら教えてほしいです。もし、これが使えるのであれば格段に実験スピードが上がるような気がします（すべてが見つけられる訳ではありませんが）。

(無題) 削除/引用 No.4140-9 - 2007/05/10 (木) 16:20:33 - gene SNPをサーベイする方法として、特殊な泳動装置が必要なSSCPにかわり、ミスマッチ位置で切断するCELIという酵素で処理して、heteroduplexの有無を検出するという方法があります。原法では蛍光標識したプライマーが必要でしたが、最近ではふつうのPCRでおこなう系が出てきています。 たとえば（TILLINGの項） http://www.shiyaku-daiichi.jp/support/eGene_E-ne_Stage/application.php 上記は、キャビラリー電気泳動装置製品の応用例として出ているものですが、アガロースでも可能です。 2ハプロタイプあるいは多検体のDNAを混ぜて、着目している領域（1.5 kb程度）をPCR ↓ heat denature/annealingでheteroduplexを形成 ↓ CELI消化 ↓ 電気泳動 で、短くなった断片が出現すればSNPが存在、出現しなければ存在しないことがわかります。 と、知ったようなことを書きましたが、私は興味があって適用を検討しているだけで実際にはやったことありません。どなたか経験のある方のコメントがいただけるといいのですが（とくにアガロース電気泳動でやっている方がいたら）。

(無題) 削除/引用 No.4140-8 - 2007/05/07 (月) 21:00:14 - jazzmessenger >[Re:7] ごえもんさんは書きました : > 「エクソンとその周りのシークエンスは最低必要になってきます」とのことですがｃＤＮＡのみが登録されており周囲のＤＮＡ情報がないばあいは最低限１サンプルについてはイントロンを含めたシークエンスが必要になるのでしょうか？そのごエキソンをはさむ形でプライマーを設計してエキソン部分を読むとエキソン内のＳＮＰが検出できるのでしょうか？ イントロン全てのシークエンスは必要ありません。ごえもんさんの目的を達するには、最低エキソンの周りの40bp(イントロン)くらいは欲しいですね。それから、エキソンをはさむプライマーをイントロン内に作るのがベストです。エキソン内のプライマーも使えますが、プライマーの部分ではSNPは見つけられません。イントロンが短ければ、エキソンから次のエキソンのPCRで、イントロンのシークエンスは得ることができます。Cosmidなどにクローニングして、エクソンからシークエンスもできますが、大変だと思います。

(無題) 削除/引用 No.4140-7 - 2007/05/05 (土) 20:26:57 - ごえもん いろいろなご意見、ありがとうございます。 サイズはｃＤＮＡのものです。 「エクソンとその周りのシークエンスは最低必要になってきます」とのことですがｃＤＮＡのみが登録されており周囲のＤＮＡ情報がないばあいは最低限１サンプルについてはイントロンを含めたシークエンスが必要になるのでしょうか？そのごエキソンをはさむ形でプライマーを設計してエキソン部分を読むとエキソン内のＳＮＰが検出できるのでしょうか？ それともそれ以外の方法で何かご存知のかたがいましたら何か意見をいただけるとありがたく思います。 どうかよろしくお願いします。

サイズ 削除/引用 No.4140-6 - 2007/05/03 (木) 21:44:06 - jazzmessenger >[Re:3] ごえもんさんは書きました : > 遺伝子の長さは約1600ｂｐです。サンプル数は５０を予定しております。 これはcDNAのサイズでしょうか？このサイズの遺伝子(ゲノム)であれば、プライマーセット３つほどで全領域カバーできると思いますが。 > ＤＮＡサンプルからエクソン部分を調べるにはひとまず１つのサンプルのみイントロン部分も含めて全てシークエンスし、それからイントロン部分を除いた部分を読むようにいくつかプライマーを設計して行えばよいのでしょうか？ エクソンとその周りのシークエンスは最低必要になってきます。サイズによりますが、全てシークエンスするのは大変かもしれませんよ。

(無題) 削除/引用 No.4140-5 - 2007/05/03 (木) 21:35:21 - jazzmessenger >[Re:4] 通りすがりさんは書きました : > ロシュがSNPsを検出する新しいシステムを発売する予定のようです。 > 1時間で96もしくは384サンプルを一気に見れるので気になります。 > 新たに機械が必要なのがネックですが・・・。 ロッシュの新製品も、Transgenomicと同様、Melting Curveを利用するものだったと思います。そういう機械を使って見たいですが、やはり値段が高いですね・・・。

HRM 削除/引用 No.4140-4 - 2007/05/03 (木) 12:59:57 - 通りすがり ロシュがSNPsを検出する新しいシステムを発売する予定のようです。 1時間で96もしくは384サンプルを一気に見れるので気になります。 新たに機械が必要なのがネックですが・・・。

(無題) 削除/引用 No.4140-3 - 2007/05/02 (水) 08:10:54 - ごえもん ご助言ありがとうございます。掲示板で意見をいただけたことに感動しています。 遺伝子の長さは約1600ｂｐです。サンプル数は５０を予定しております。これが終わったら遺伝子の長さが４０００ｂｐ程度のものもやりたいと思っています。 ひとまずエクソン部分を調べようと思っておりますのでシークエンスをやっていくのが良いということですね。 ＤＮＡサンプルからエクソン部分を調べるにはひとまず１つのサンプルのみイントロン部分も含めて全てシークエンスし、それからイントロン部分を除いた部分を読むようにいくつかプライマーを設計して行えばよいのでしょうか？私の勉強不足かもしれませんが何かわかりましたらお願いします。また、参考になるようなサイトまたは書籍が有りましたら教えていただけると勉強できるのでうれしく思います。 よろしくお願いします。

シークエンシング 削除/引用 No.4140-2 - 2007/05/01 (火) 20:39:30 - jazzmessenger 「遺伝子の長さ」と「サンプル数」は書いたほうが答えが得られやすいと思いますよ。あとは、エクソンだけだとか、全領域を見たいとかで、検出方法は変わってくると思います。 10−30サンプルで、スクリーニングする箇所が少なければ、私ならシークエンシングにします。今は＄3くらいでシークエンスしてくれるところもあります。SSCPは数をこなすには便利ですが、全てのSNPを検出することはできません。泳動のコンディションによります。個人的に使ったことはありませんが、Melting Curveを利用したAutomatedの機器を使う方法もあります。

ＳＮＰ検出について 削除/引用 No.4140-1 - 2007/05/01 (火) 19:32:54 - ごえもん ヒト、マウス、ラット以外での動物におけるＳＮＰを検出しようと思っています。目的とする遺伝子は薬物代謝に関わるものです。 血液からＤＮＡを抽出して実験する予定です。 目的とする遺伝子の長さにもよるのでしょうが実験方法に迷っております。 目的とする遺伝子がどの程度の長さであればシークエンスのみを選択するのか？どの程度、長い遺伝子で有った場合にＳＳＣＰ等を行う必要が有るのか？ そしてどの会社の製品を使用するのが良いのか？ 何かご存じでしたら教えてください。

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