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microRNAの扱い方&ライブラリ作成法を教えてください トピック削除
No.4122-TOPIC - 2007/04/27 (金) 17:18:14 -
脳組織からmicroRNAを抽出し、網羅的なライブラリを作成したいのですが、microRNAを扱うのは初めてで知識がありません。。

いま考えている方法は、1、脳組織50mgから、Ambionの「mirVana miRNA Isolation Kit」で200bp以下のsmall RNAを抽出。2、電気泳動とゲル抽出(small RNA Gel Extraction Kit, TaKaRa)で30bp以下のmicroRNAに絞り込む。3、TaKaRaの「small RNA Cloning Kit」でクローニング。 というものです。

他にもキットや手法があるようですが、お勧めのものがあれば教えて頂けますでしょうか。また、Total RNAは扱っていますが、microRNAを扱う上で特に注意すべき点やコツがありましたらぜひ教えて頂けると幸いです。

それでは、どうぞよろしくお願い申し上げます。
 
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microRNAの扱い方&ライブラリ作成法を教えてください 解決済み 削除/引用
No.4122-6 - 2007/06/08 (金) 16:31:38 - 彩
無事クローニングできました!
メッセージを頂いた方、どうもありがとうございました。

P.S. 今度は microRNAのqRT-PCRについてのスレッドを
書かせて頂きます。こちらもよろしければご指南頂けると
幸いです。

Reference ありがとうございます 削除/引用
No.4122-5 - 2007/05/01 (火) 17:01:30 -
みつ様

論文のご紹介、どうもありがとうございました。
確かに、同じAmbion社のキットを使っていますね。
参考にさせて頂きたいと思います!

(無題) 削除/引用
No.4122-4 - 2007/05/01 (火) 16:18:06 - みつ
この論文も一応参考にされて下さい。
Bravo V, BBRC 2007, 353: 1052-1055

ご連絡、ありがとうございました! 削除/引用
No.4122-3 - 2007/05/01 (火) 14:46:23 -
そば様、

方針はこれで良さそうですね。「通常のRNA操作と同じ操作でも
問題無い」とはちょっと意外でした。必要以上に怖がる必要は
なさそうで、かなり安心しました。

ゲルから切り出す際にバンドが見えない点や、
セルフライゲーションの問題などの重要な情報も
ありがとうございました。こちらは数をこなすしか
なさそうですね。実験を頑張りたいと思います。

有益な情報、本当にどうもありがとうございました!

(無題) 削除/引用
No.4122-2 - 2007/05/01 (火) 14:07:59 - そば
「一般的なカラムによるRNA精製キットではsmall RNA fractionがカラムから抜け落ちてしまうという」ということが最も気をつけるべきことですが、お使い予定のキットであれば問題は無いと思います。
その点以外は通常のRNA操作と同じ操作で問題無いです(少なくともRT-PCR等で定量は可能でした)

私は実際にmiRNAのクローニング操作を行ったことはありませんが、クローニング法に用いる方法も今まで多くの報告があるT4 RNA ligaseを基本にした方法なので、特に問題は無いと思いますが・・・

ゲルから切り出す際にバンドが見えない(少量のため)、増幅PCRでアダプター同士のセルフライゲーションが増える等の苦労が予想されますが、そのあたりの問題は基本的にどのキットでも同じではないかと思いますし、自分でやるとしても同じような選択肢を選ぶと思います。

microRNAの扱い方&ライブラリ作成法を教えてください 削除/引用
No.4122-1 - 2007/04/27 (金) 17:18:14 -
脳組織からmicroRNAを抽出し、網羅的なライブラリを作成したいのですが、microRNAを扱うのは初めてで知識がありません。。

いま考えている方法は、1、脳組織50mgから、Ambionの「mirVana miRNA Isolation Kit」で200bp以下のsmall RNAを抽出。2、電気泳動とゲル抽出(small RNA Gel Extraction Kit, TaKaRa)で30bp以下のmicroRNAに絞り込む。3、TaKaRaの「small RNA Cloning Kit」でクローニング。 というものです。

他にもキットや手法があるようですが、お勧めのものがあれば教えて頂けますでしょうか。また、Total RNAは扱っていますが、microRNAを扱う上で特に注意すべき点やコツがありましたらぜひ教えて頂けると幸いです。

それでは、どうぞよろしくお願い申し上げます。

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