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No.3040-10 - 2006/09/11 (月) 20:52:00 - e
>2種類の選択マーカーで同じ複製機構のプラスミドを形質転換すれば2つプラスミドの入ったコロニーがとれるというのは理解できます。

大腸菌ではこれが起こらないと言われていて、それが不和合性ですよね?

>これは古典的問題で、数学セミナーの1980年代の増刊号に出ています。

この文献を当たるのがいいのでしょうが、、、アクセス不能。イマイチわからない。

>出題者さんが既に理解して「済み」としているところをいろいろほじくりかえしてすみません。

同感。

(無題) 削除/引用
No.3040-9 - 2006/09/11 (月) 20:50:06 - Bio
 そんなことありませんよ。いろいろ自分も、勉強になります。大腸菌のプラスミドの問題は難しいですね。知らない教授もいるかも・・・ 

(無題) 削除/引用
No.3040-8 - 2006/09/11 (月) 20:39:18 - シュン

> いや、そんな事はないですよ。
> 例えば、選択マーカーの違う2種類のプラスミドをミックスして transform してみると分かります。形質転換効率が rate-limiting であれば、2分子入ったものはほとんど現れないはずですが、実際にはやや効率が低めになるくらいで、オーダーが変わるほどではありません。大腸菌ではあまりやりませんが、イーストではツーハイなどでごく一般的なやり方ですね。

なるほど。確かにイーストでは、2つのプラスミドを同時に入れることは良くやりますし、結構入ります。ただ、イーストの場合は、シングルコロニーをとっても同じ栄養要求性のプラスミドでも結構プラスミドが2つ入っていることがあります。ただ、シングルコロニーをとって、もう一度プレート上でシングルコロニーを形成させると一つしかプラスミドが入っていないものがとれます。

私は、これまで大腸菌のコロニーをとって2つの同じ複製機構のプラスミドが同時に入っていたという経験は、全くありません。しかし、不和合性の理論から考えるとどうしてもシングルコロニーで1つのプラスミドしか持っていないといのは理解できないのですが。確かに、2種類の選択マーカーで同じ複製機構のプラスミドを形質転換すれば2つプラスミドの入ったコロニーがとれるというのは理解できます。
大腸菌のコロニーをとって2つのプラスミドが入っていたことがないというのはただ気付かなかっただけなのでしょうか?いま一つ、しっくり来ません。
出題者さんが既に理解して「済み」としているところをいろいろほじくりかえしてすみません。

(無題) 削除/引用
No.3040-7 - 2006/09/11 (月) 18:40:47 - T
> 形質転換効率がrate-limiting になっているように思えるのですが。

いや、そんな事はないですよ。
例えば、選択マーカーの違う2種類のプラスミドをミックスして transform してみると分かります。形質転換効率が rate-limiting であれば、2分子入ったものはほとんど現れないはずですが、実際にはやや効率が低めになるくらいで、オーダーが変わるほどではありません。大腸菌ではあまりやりませんが、イーストではツーハイなどでごく一般的なやり方ですね。

(無題) 削除/引用
No.3040-6 - 2006/09/11 (月) 17:11:55 - シュン
MMさんに質問があります。

不和合性については私もそれで納得していたのですが、よくよく考えると一つ一つの大腸菌の細胞内のプラスミドは一種類ですが、コロニーのレベルでは、まだらになるように思うのですが?

例えば、1つの大腸菌に5種類の同じ複製機構により増殖するプラスミドが最初に入ったとします。そして、分裂を繰り返し、コロニーを形成するころには、不和合性により大腸菌一個一個にはそれぞれ単一のプラスミドしか入っていないと思いますが、コロニー全体ではいろいろなプラスミドが入った大腸菌のミックスになっているように思います。

私は、プラスミドを形質転換後、シングルコロニーをとった場合に一つのプラスミドしか入っていないというのは、中年さんが言われる様に形質転換効率がrate-limiting になっているように思えるのですが。

いかがでしょうか?

私の根本的な間違いであるようにも思えるので、もし、そうでしたらお教え頂ければ幸いです。

(無題) 解決済み 削除/引用
No.3040-5 - 2006/09/11 (月) 00:42:58 - Bio
 わかりやすい説明ありがとうございます。参考にさせていただきます。

確率 削除/引用
No.3040-4 - 2006/09/09 (土) 19:48:44 - MM
これは古典的問題で、数学セミナーの1980年代の増刊号に出ています。要するに数種類の同種プラスミドが入った大腸菌が生育する過程で、ちょっとした複製効率の差から数の揺らぎ・偏りが始まり、コロニーが生じるくらい分裂した後には一つのプラスミドしか見かけ上残らない、とういう結論です。

ありがとうございます 削除/引用
No.3040-3 - 2006/09/08 (金) 23:53:03 - Bio
 中年さん、参考になりました。自分でも、“不和合性・・・”の部分を勉強してみます。

(無題) 削除/引用
No.3040-2 - 2006/09/08 (金) 23:34:38 - 中年
必ずしも一種類のプラスミドしか入らない訳じゃないと思いますよ。この場合には、ソースとなっているDNAが少量なので、それがrate limitingになっているからでしょう。酵母からの回収に限らず、ライゲーション産物を形質転換する場合も同じ理屈ですよね。ただ、もし複数のプラスミドが入ったとしても、不和合性といって、同じ複製起点を持つプラスミドは大腸菌内に同時に維持されにくいという性質があります。

大腸菌内のプラスミドについて 削除/引用
No.3040-1 - 2006/09/08 (金) 22:10:04 - Bio
 基本的な質問かもしれませんが・・・
 酵母からプラスミドを回収し、大腸菌に形質転換し、コロニーPCRをしてシーケンスの流れはお決まりのパターンですが、この過程の中で、大腸菌(DH5α)の場合、なぜ、一種類のプラスミドしか入らないのでしょうか?
 疑問に思いました。

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